追記です

再三しつこく失礼します。いろいろ気になったんで文字数カウントしてみたんですが、規定より１万字以上多いんですね。削れるかなと思ったところを考えてみました。

・特定のキャラとの会話が長く感じる。
特にエリーチカ。あと、エドやルーシーとの会話も、モネの物語上での重要度が上がったので相対的に要らない感が気持ち強まった気がしました。気になってそれぞれのシーンの文字数カウントしてみたんですが、

・エリーチカとの会話1回目：7400字、2回目：4000字
・エド＆ルーシーとの会話1回目：3100字、2回目：2500字
・モネとの会話1回目：3100字、2回目：2300字、3回目：1000字

……以上、こんな感じでして、私の体感もそんなに外れてないもんなんだなーと実感したところです。次におもな戦闘シーンの文字数カウントもしてみました。

・ジェイク＆盗賊との遭遇戦：3800字
・シミュレーター戦：4500字
・スネンヴァル盗賊団戦：8000字（うち事後処理3400字＊）
・テレーヌ領との前哨戦：5500字（＊）
・決戦当日：26000字（ヤクルスのお披露目5500字、ライカ＆スネンヴァル達の前線での奮闘6500字、ジェイク視点3500字、ライカ視点3000字、合流しつつのラストバトル7500字）

後半の文章量が半端ない感じです。この辺でもどこか（私見では＊マークと最終戦あたり）削れそうな気配がします。ただ正直なところ、これら以外のジェイク視点、トーマス視点、機体整備＆それらの蘊蓄シーンもなんか同じことを繰り返し言ったり戻ったりしている感があるので、今までシーンの入れ替えなどでダブってしまったかも、と思うところを削ったり数か所に集中させたりするとよさげな感じがしています。

その他のシーンについて
・冒頭～ジェイクとの遭遇まで：1800字
・初戦後～ジェイクがD85に居つくまで：3700字
・シミュレーター戦後の談話：3600字（＊）
・モネとの出会い～エド＆ルーシーとの会話まで、ジェイクの今後の展望など：1800字
・トーマスの回想とジェイクの素性詮索：3800字
・スルトの発見と説明：5300字
・スルト発見翌日～スネンヴァル戦まで：5800字（＊）
・ジェイクの回想と起床後しばらく：2400字
・エリーチカ二回目の訪問後、ジェイクとトーマスの会話：5000字（＊）
・宣戦布告後～エド＆ルーシーとの会話まで：2700字
・ジェイクとトーマスの会話、大暴走の真実：3500字
・エピローグ：1000字

（＊）が特に長く感じた部分。感触としては、戦闘後のやりとりで3000字いくもの、会話だけで5000字いくものなどがけっこう冗長な感じがする。先述のエリーチカの会話が長く感じたのも無理ないと思った、7000字いってるから。一方で小粒のエピソードは2000字くらいでもまとめられているので、全体まんべんなく削ぎ落すつもりなら2000字、3000字、5000字あたりでボリュームの目安を区切るといいかも。

ほか、シーンの配置で気になった部分。エドとルーシーの一回目の登場がなんか遅い気がした。ジェイクを町に慣れさせるより前に登場してほしい、ライカの日常の象徴みたいな連中なので。
あとシミュレーター戦がちょっと早い気がする。これってどっちかっていうとジェイクのゴブリンの修理の話に一度ケリがついた後にさてどうしようか、となってライカに誘われてやる感じ。ジェイクが居ついて真っ先にここに行くのはなんか違う感がする。

削ぎ落した方がいい伏線については「存在X」あたりかな。ちょっと理屈では言い切れない意見が多くて申し訳ないのですが、尺調整の目安としてご検討ください。