こんにちは

>>エリアスのストーリーを冒頭に書いたのは、失敗だったかもしれませんね。
クロエとリュカのポワポワした感じが続くと考えると、作者にとっては書きやすいのですが、スケールダウンしているのが気になります。
失敗するのは悪くないんです。発想は間違っていなかった。
今よりも読者を選びそうな気がするので。
私としては冒頭に書くのは正解だったと思います。
冒頭最後の気絶するシーンでエリアスが読者を煽ることができていれば、とりあえずもう少し読んでみようと普通はなります。

>>ファンタジー要素の不足に関しては……しょっぱな飛ばし過ぎてますが、基本的に魔法を使うと異端として処刑される世界

ここが少しもったいなくて、ファンタジー要素はもっと何でもアリでいいんです。

例えば専門用語の薬草を主人公が、ただ調合しているだけなのに、ファンタジー感がでる。

例えば山では夜になると。
蛍（異世界の名称）が現れて、魔女がいると近寄ってくる。
クロエは蛍を操りながら足元を照らして歩いていく、とか。
ちょっとしたことでもファンタジー感がでる。

例えば山に魔獣が住んでいたとします。
エリアスは子供の頃に母から一度だけ聞いた話を思い出していた。
禁断の森を目指して馬車を走らせる。魔獣が住む禁断の森へ入ってしまえば、追っての魔法使いが万が一にも諦めてくれると思ったからだ。
（色々あって→）馬車が破壊された。
我先にと逃げていった御者は、魔力を感知して集まってきた、茂みの奥にいる魔獣の群れに食われてしまった。
魔法使いの呪文に呼応するかのように、限界に達した魔獣達が一斉に魔法使いに襲いかかると、その隙にエリアスは逃げ出した。
エリアスの目論見通り魔法使いは自滅したが、思ったよりも自身が受けた傷が深い。
しばらくしてエリアスは途中で力尽きる、そして水たまりに倒れ込んだ。

現代人から見た普通の山じゃなくて、ファンタジーなので何でもありだと思うんです。
未知の鉱物が地表に顔を出していて、それが夜になると青白く光るとか。
魔女だけに見える何か、とか。
例えば魔女のローブは万能で――、とか。
手笛を使えば使い魔の狼が寄ってくるとか。

かゆいところに手が届けばといった感じです。
楽しんで書くことが一番です！
応援しています(*´ω｀*)