じょうじさん、こんにちは。公開されている部分をすべて読ませていただきました。
物語の構成はよかったと思います。アクションシーンに始まり、主人公の信念や立ち位置、世界観の説明、周囲のキャラクターとの絡み、ヒロインとの出会いも印象的でした。続きが気になる冒頭だったと思います。

気になったのは設定です。
◯なぜ玲は特対に入ったのか
特対はMGを取り締まる機関、とはじめから銘打たれています。そういう機関に、MGとの共存を目指す玲が就職するのは不自然に思いました。「特対は、本来はMGと人間との架け橋となるべく設置された機関だが、実際には彼らの捕獲を目的とする取り締まり機関として機能している」というような説明があると、「夢を抱いて入職にしたのに組織で浮いてしまっている玲」という構図がはっきりするかと思います。
◯医療革命の印象が薄い
「遺伝子操作が当たり前になった世界の弊害として、突然変異で人類に害をなすMGが誕生するようになってしまった」とのことですが、前提である「遺伝子操作が当たり前の世界」が実感できませんでした。普通に走って追いかけてるし。遺伝子操作してこんなにすごい社会になっている、というアピールがあると、世界観に納得しやすいと思います。
◯MGの設定が弱い
A「無差別殺人を犯したのがMGだった」
と
B「MGは無差別殺人を犯す」
は違います。Aだけの理由でMGを取り締まるのは弱い気がしました。
おそらく、その後の少女との交流のためにもMGに過激すぎる設定はつけられないとは思いますが、大半の人間がMGを嫌悪するに足る理由が欲しいと思いました。
それと、「MGは眼が赤い」という設定ですが、これは成長過程のどこかで突然そうなるのでしょうか？　生まれつきなら、病院で出産した時点で隔離されるよなぁと思ったり。

全体的に、設定の甘さが目立った印象です。世界観が大きなカギとなる物語だと思うので、くどすぎず、でも的確に描写する必要があるかと思います。

以上です。いろいろ書いてしまいましたが、合わない意見はスルーしてください。
創作活動応援しています。

それと蛇足ですが、サイトの仕様上拙作が目立つ位置に来てしまいますが、こちらへの返信は遠慮いたします。