やりたいことが伝わる前に「はじかれる」感じはありました。

個人的なラノベ持論ですが、それらの深堀り設定は【知らなくても楽しめる】前提でちりばめないと意味がない
とは思っちゃいます。

深堀り前提で物語を意味深にしすぎて冗長。「ああああああ(-_-メ)ええさか結論言えや！」感になっている感じがあります。
別に意外ではないのに、出し惜しみされる感じ？でもいいかも。

エヴァみたことない_(┐「ε:)_エヴァ好きな人なら「あ、エヴァってる」と分かるかもです。
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これはトリビアですが、傷口は成長しません。
兄が昔包丁で足に縦一文字の大怪我した事があるんですが、今では膝を起点に１５センチほどの傷しかないです。当時の兄の足長が１５センチくらいしかなかったので。

　でタトゥーとかも傷に分類されるので、おそらく幼少期に刺青いれても、それが肉体を一周するようなものでなければ成長に従い、置き去りにされます。

正しい陣を刻めたら肉体の成長と共に陣も育つはずなのに、ライカの陣は育たなかった。
だから失敗作・・・・・に見える、とかね。幼少期の怪我の知識がないと、わかんないのさ。

失敗作に見える、神の子供達の生存フラグも経つしね
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ジェイクがなぜ妖精の寵児に執着しているのか？がわかんなかったっす。
　あくまで案ですが、ジェイクの家族や弟、我が子が徴用されてしまい、家族の消息を探すうちに妖精の寵児計画に行きついてしまい、信じた英雄が、神のごとく崇めた物が、ただのなまぐさい偽物だったのだと【偶像崇拝】の罪を成したことに気付いてしまい、背信の決意し破戒者となる。

・・・・・って分かりやすいでしょう？
あるいは家族の不自然な死の理由に【クソみたいな人体実験】が関わっていたとか。ライカに【父性】とかを投影しやすくなるし。馴れ馴れしさも読者的に「あーそういう事ねー」って納得しやすい。

わざと前の方にジェイクの探し物エピソード入れてライカは「人体実験サンプルの失敗作」でした。にしてしまえば「実は成功体」への伏線にしやすいし。
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あと、〆にの位置に、まずまずコーヒーをライカが美味しそうに飲んじゃうシーン入れたら、テーマ性がでて素敵だと思う。

「いいもの」は「わるいもの」で「おいしくないもの」は「おいしいもの」個人の裁量であって、それを全ての人に押し付けても仕方ない。・・・・・でも好きな人には理解されたい的な

ジェイクにとってライカは神であり罪の象徴で、「弟子」で「許し」の象徴じゃなくっちゃね。
がんばってねー(´Д｀)ｂ