約束なので来ました。まずはひとまずの完結おめでとうございます。
で、今回もわかりやすく如月さんのいいところと悪いところが出ているので、そこをつついていきます。
でも、やっぱり長編やってもらったほうが指摘しやすいな。掌編や短編はなあなあで済ませてしまうことが多いのですが、長編ではそうはいかない、というものがありますので。

先に他の方から出ていた点について少し触れておきます。
1.フィーアの人造生命に関する説明が序盤ではいまいち関連してこない
2.三人そろった状態での談話がなんだかなーという感じ
3.もうちょっと戦闘とか欲しい気が、ちょっと冗長かも

これらは全体通しての文章配分のバランスが悪い、ということなので、ある程度慣れや経験などで感触を掴んでいくしかないです。3に関しては今までバトルのみはダメだよ！と言われてきていたのを改善するための試みでしたので、今回に限っては仕方ないです。慣れてきたらバトル比率を少し上げるくらいにしようか、というだけの話です。

1は「後でちゃんと関連してくるんだよー」と主張しても、やや早すぎる情報、という類のものだと思います。「どうも事件に人造生命が関連しているようだから、それに精通したフィーアの知識が今回は必要とされている」というのは、本来は依頼人やミレーヌを通してできるだけ早く伝えたほうがいいものですし、もしくは必要になってからその知識を引っ張り出していく、というほうがいい場合もあります。今回は妙に蘊蓄が長く「……で、これが物語にどう関係するの？」に結びつけるのも遅かったので、駆け付けたミレーヌに「相変わらずね、でもあんたのその知識が今回は必要なのよ」などと言わせてそのシーンの末尾を〆るとうまく次へと繋がっていきます。

2は、ティファレトのキャラを印象づける絶好の機会ではありましたが、それに対するミレーヌの反応が過剰すぎる、という点を指摘されていますよね。仕事とは関係ないお喋りに無駄に力を入れ過ぎた、ということでもあります。私の感覚では「連携をとりやすいように、親睦を深めるために少し話をしようか」というような感じの雑談タイムが開始され、ティファレトが自分の話をする番になる→ミレーヌが「あ、私はもういいわ、前にも聞いたから」と言って慌てて退席→フィーアが聞いていて後悔する（心の中でミレーヌに置き去りにされたのを恨むもよし）、という感じにするかな。お仕事ものは、楽しくても仕事に関係のない話は気持ちセーブ気味にしないと、キャラや作者だけが楽しみすぎて読者はやや付き合う気をなくしがちになります。

……ですが、これらはラストバトルの整合性の無さに比べれば大したものではありません。私が完結まで待っていたのは、このへんにいちばんまずい部分が表出するだろうと思っていたからです。

……つーか、「フッ」はジャンプ黄金期の伝統的な口癖ですので、流石に時代を感じてしまった……黄金期の中でもパロディ色の強いバスタードの主人公は「それは俺のような超絶美形だけに許されるセリフ！！」とか言ってますが、これの発祥もたぶん車田正美に行きつきます。

あ、あと無意味にフェミニストで「女は殴れない」とかいうのもジャンプ黄金期の特徴ですね。それまでは女性はおおむね非戦闘要員でしたので。ナルトやブリーチの頃から縛道やチャクラなどの魔法的な能力が出始めたために女性キャラが積極的に参戦するようになりましたし、黄金期中でもダイの大冒険やバスタードなど、魔法がある世界観では女性の体力的なハンデがほぼなくなるため、その手のセリフはなるべく控えるようになっていました。なのでミレーヌがバリバリに戦闘に参加している状態でそんなこと言っても、ちょっと状況に合ってませんがな……。

他に気になったこと
・最初にミレーヌの容姿描写をしてほしかった
・エミリーをもうちょっと違う語感の名前にしてほしかったかも、わりとミレーヌと間違えやすい感じ
・まえがき・あとがき・総括あとがきはあまり長すぎないように。これは書いてて楽しいのは充分わかるんだけれど、これに力を入れ過ぎて本編がおろそかになるのを防ぐためです。

で、お待たせしました気になる点の件ですが

・続編を作りたいけど、主人公が成長しきった感がある。作るべきではないのだろうか。

パワーインフレに限界はありませんが成長インフレは限界がありますからね……でも、遊戯王もそうだけど「コミュ症が改善されてからがスタート」という物語は他にも結構あります。今のままでは一連の事件にまだ奥深いものが潜んでいる感じが残っているので、物語的に未消化であるならば、続けていいだろうし続けたほうがいいだろうと思います。息抜きに他の短編を書くため少し休憩、というのはありだと思います。

・終盤にいきなり出てくるキャラクター がいるけど、それらのキャラは上手く書けているか。

アレックス・ブライアン・エミリーの容姿描写がもうちょっと欲しかったかも。テオドールはいい感じでしたね。口癖がわかりやすくうまくキャラを書き分けられていると思いました。ドゥーエも思考回路がわかりやすい。敵キャラはラスボスのわりに微妙に小者っぽいブラスファと無駄にかっこいいプロケラの組み合わせがちょっとアンバランス感があった。

・後半から一話辺りの字数を減らしたけど、味気なくないだろうか。

大丈夫だったけれど、通して見たからであって、実はリアルタイムで見ていた時はやや状況把握がしづらかった（連載期間に忘れてしまうことがいくつかあったので）。私が完結済みの作品でないと見る気がしないのはこのためです……。

ともあれ、長編完結お疲れ様でした。今回は今まで注意されていた心理描写がかなりよかったと思います。