月見里キャメロットさん、はじめまして。『ノベル道場』の開発、運営をしています、うっぴーと申します。
『Episode.1:人ならざる人型』まで読みました。
欠点の指摘歓迎、ということなので、厳しめにいきますがご容赦ください

＞──時は聖夜、”日本一住みたい街“と称されたとある街は、いつものような喧騒が全く無かった。

最初のこの一文なのですが、なぜ日本一住みたい街と称されているのか気になります。
この点について、プロローグでは特に説明されておらず、すぐに異世界転移するので舞台が日本一住みたい街である必然性も無いように思えます。
読者の注意を特に意味のないことに向けるミスリードになっています。

読者に無用な負担を与えないためにも、不必要な情報は削らなくてはなりません。

計２４０１人が１日の間に失踪した謎の事件が冒頭で起こるのは、興味をひかれる導入です。
しかし、警察の発表にもあるように、この規模の失踪となると、現実的に考えれば、テロなどの大きな組織絡みであろうと推測されます。
大学の異常現象研究会が興味本位に首を突っ込む事件としては大きすぎて、不自然です。
出現した、巨大な鉱物状の結晶からオカルト絡みだと思って大学生たちが噂するのは良いのですが、調査となるとリスクが高すぎるのではないでしょうか？　もし本当に、国家規模の事件なら、自分たちが北朝鮮などに拉致されるリスクを考えねばなりません。

＞「天文台にあるんだよね、その結晶。もし警備に見つかったら大変だろ…………」

＞「そんな最初っから臆病な事言ってたら、また人が消えるよ！」

警備員に見つかるリスクについては考えるのに、自分たちが消えるリスクについては考えないのでしょうか？

頭脳明晰な法学部四年生がメンバーにいるのなら、こういったリスクの高さに思い当たるはずだと思うのですが、メンバーの誰一人として、そういったことを考えている様子はありません。
健人は臆病で恐怖心を抱いているようですが、警備員に見つかる程度のものです。

これでは実際に消える羽目になっても、自業自得としか思えなくなってしまいます。

ここはいきなり調査しようではなく、不可思議な事件が起こっていて怖い、といった感じで噂し合うのが、自然な心理かと思います。
リスクの高さを無視して調査に向かうような強引な展開にするのでしたら、彼らが首を突っ込まざるを得ない理由を用意した方が良いでしょう。
例えば、もっとも簡単なのは、サークル仲間や家族が失踪したのでどうしても行方が知りたい、といったものです。

人間がなにか行動を起こすには動機が必要ですが、キャラクターたちの動機が薄いので不自然です。

キャラクターが不自然な行動を取っていると、とても生きている人間として共感できないので、物語に入っていけません。この状況に置かれたら、彼らはどういう心理になるか？とリアルに想像する必要があります。

＞「お、俺はただの大学生だと思ってました…………」

＞「だけど、何故かはわからない。分からないけど、やらなきゃいけない事があるって、俺の心が叫んでるんです！」

異世界に転生して強くなるのは良いのですが、女の子に怒鳴られて言うことを聞かされていた臆病な青年にしては、状況に対応するのが早すぎると思います。
もう少し、混乱している様子、戸惑っている様子を描かないと、人間心理としては不自然です。

異世界にやってきて、突然、戦闘に巻き込まれ、しかも自分は強くなっている、となれば、もっと混乱するはずです。
女の子を助けるために覚醒するのは良いのですが、このあたりの心理をもっと丁寧に描くように努めた方が良いでしょう。カッコ悪い姿を晒しても、最終的には少女を助けられれば、主人公として十分な働きだと思います。

以上です。
すいません。欠点の指摘歓迎！ということで厳しめに書かせていただきましたが、本当に応援していますので、これからも更新頑張ってください！

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