>主人公の名前を今から変えたりするのは有りなのでしょうか？

別にいいと思いますよ。ここで見てもらっているぶんには「今回から主人公の名前変えました」とか一言言ってもらえればそれでいいし。

ただ、どういう名前にするかはよく考えてね。その部分全部直すってけっこう大変だし、直し忘れが残っちゃったりするし。
実は小説媒体では、ひらがなの名前はけっこう相性が悪い。地の文と紛れやすくなって見分けがつきにくかったりするんだ。
逆に清良をわざわざ「セイラ」にしているのも気になっていたんだけど。カタカナ三文字でマリア先生と被って見分けつかないなーと思っていたところ。初出の時点でカッコ書きで読みを書いてもらえればそれでよかったかもなと思ってるし。

ついでに言うとマリア先生の「呼び捨てにして」のお願いでやっぱりさらに認識しづらくなってるんだけど（私がわざわざいつも”先生”づけしてるのはそれもあります）。でもまあここは彼女的に譲れないところだと思うので、そのままで通すしかないと思いますけどね。

簡単なようで意外に迷うところかもしれないので、慎重に考えてください。