こんばんは、のんです。ボコボコにとの事ですので、隅の隅まで突っつかせて頂こうかと思います。

　先ず【タイトル】ですが。
　元男なら現女でしょうし、女剣士になったから何なんだろう？　と思いました。「くっころって言ってイイですか？」ならまだ分からなくも......いや、どうでしょう。
　漢字、ひらがな、カタカナのバランスは良かったです。ただ少し前半に読み辛さを感じました。原因は【もと「お」とこの「お」れが「お」んなけんしに】と、「お」が続いているからですかね。
　略されることの多いタイトルですが、語呂にも意識を向けてみて下さい。

　では続いて、【あらすじ】に参りましょう。
　２文目が【男勝りな～】と始まりますが、これは女性に対して使われる言葉です。この時点では男性であるはずの主人公には、相応しくありません。
　３文目の【暴漢に返り討ちに遭い】も唐突です。女性を助けようとした、という過程を省くのであれば、【返り討ち】という情報も省きましょう。「暴漢に殺された」で問題ありません。
　同文にて【異世界の『女の子』に転生する】とも有りますが、これではまるで憑依のようです。あくまで【転生】というのであれば、「異世界に女の子として」と書いてください。

　それでは【本編】です。
▼彼の名前は藤ノ木で、剣道部の主将をやっているのだが。
　名前に関しましては２行目で聞きましたし、後輩のセリフの直後に「彼」と言われては後輩のことかと思います。【剣道部の主将】という情報もこの時点では要りません。

▼「いや無理だろ！？　大山、これはいったいなんの冗談なんだよ」　目の前の大山は、どうも本気で俺に告白してきたようだ。
　この一瞬で主人公に何があったのでしょうか。主人公の台詞のあとに、後輩が本気らしいと主人公が気付く過程を入れて下さい。びっくりしてしまいます。

▼男が男に告白することは～【あるそうな】。
▼今ならアニメや漫画の～【あるそうだが】、～。
▼紺の道着姿のタケミは～【ないようだ】。
▼それはつらいことも～【ものだそうだ】。
　この地の文はいったい誰視点なのでしょうか？　恐れる事はありません。断言してしまって下さい。
　それから、「後輩は男ばかりの空間で欲求不満になり、同性に告白するという奇行に走った」と主人公は推察しているようですが......。後輩は１年の新入りですよね。この理論でいくには、奇行に走るのが早すぎではないでしょうか？　実はこうでこうなんだ、と言う補足説明が可能でしたら本編でしてください。

▼そんな感じのことをタケミは一心不乱に叫んでいた。
　【そんな感じ】ではありません。そのまんまです。それとも、似た内容の台詞を叫び続けているイメージでしょうか。でしたら「そう、タケミは一心不乱に叫びまくった」といった感じにしましょう。分かりにくいです。

▼タケミは剣道部主将だ。
　だから何でしょう？　この１文も、その後の流れ自体も悪くないのですが、叫んでいる現状と何かしら関連付けて欲しかったですね。声量があるから叫び声がグランド中に響いているだとか、主将だから怖いと有名で叫んでいても周りの生徒は誰も近寄って来ないだとか。そう言ったワンクッションを入れて下さい。

▼鼻が伸びたりしたものだ。
　脱字ですね。

▼「さすがに……男に告白なんて……」
　この言い方では主人公が告白した側の様です。「されるなんて......」等に修正しましょう。

▼そして――獲物を見つけたハイエナのように、瞬発的に動いた。
　既に女性は負傷していますし、それは男によるものでしょう。【見つけた】は不適格です。ハイエナというのも、狩りをせずに獲物を横取るといったイメージがありますから、変えた方が無難でしょうね。

▼そんな自嘲気味な～【異常者の男の籠手――にあたる、ナイフを持った付け根を叩いた】。
　にあたる、と書いてしまっては、ダッシュの意味がありません。どちらかにしましょう。

▼どうも自分は長い夢を見ていたようだ。　そして目を覚ます。
　単純に逆です。

▼そしてその日から３年後……。
　急過ぎます。せめてページを跨ぎましょう。

　と、こんなところでしょうか。長くなってしまい申し訳ありません。ですが、最後に１つだけ、「小説家になろう」様を利用する者として言わせて下さい。一度掲載した小説を削除するのは、「小説家になろう」様のサーバーに多大なる負荷をかける行為です。仕様がないことも有りますが、なるべく止めてください。

　それでは、少しでも参考になりましたら幸いです。