せっかく持ち上げられたので、沈む前にコメントを。

プロローグ読んで思うのは、すでに言われてるように受け入れが早すぎること。
特に、ユークリッドの元で働くって決心をするのがね。
「あー、手伝いってのは俺のサド欲求満たすのとか怪しい薬の実験台とかの事だから」
と18禁調教ゲーじみたことを言われる可能性も無いとは言えないわけですよ。
現役社畜（笑）として、労働条件も確認せずに就労承諾するのは怖すぎる。

設定の方を見ても、ホムンクルスのシステムが良く分からないですね。
人を働かせようと思うなら、飴か鞭が必要。
悪魔がかかわってるのを考えると鞭の方がらしいけど、鞭だけだと「鞭を入れられない限度ギリギリまでサボる」が基本姿勢になるので飴もある方が効率は良くなります。

罪人の魂を労働力として使用するという意味では魔界戦記ディスガイアシリーズのプリニーが参考になりますかね。
何気にWikipediaに単体ページがあってビックリ。
ざっくり言うと、ペンギン風ぬいぐるみに罪人の魂が入れてあって、魔界で悪魔にこき使われる存在です。
悪魔からもらえる薄給を貯めていくことで罪が濯がれ、最終的には罪を許され転生できる。
つまり、悪魔にひどい目にあわされるという鞭と転生という飴が彼らのモチベーションですね。
まあ、鞭が効きすぎてるので、作中では基本的にやる気がなく、時には裏切ったり逃げたりと士気はかなり低い感じ。悪魔側も雇用コストが安いので、多少逃げようが気にしてない感じの描写ですが。

翻って本作を見ると、ホムンクルスを作るにはそれなりにコストがかかりそう。であれば、鞭も飴もそれなりに巧妙に準備しておくべきと思います。
一応ユークリッドは「養ってあげる」と飴を提示してますが、衣食住ぐらいなら誰からでも得られるわけで。最初は何も分からないからとりあえず作った錬金術師の元で働くとしても、もっと労働条件の良いところが見つかったらすぐに乗り換えてしまえる。
サバイバルが得意な魂なら、とりあえず逃げて原野で自活してしまうかも。
そんなことになっては、錬金術師としては作り損でしょう。

罪人の魂、悪魔、錬金術師の3者がホムンクルス作成に関連して何を差し出して何を得るのかを決めて、魂に関連するところだけでも最初に提示しておく方がいいと思います。