おそらくは1～2日という短期間で、よくここまで改稿できたと思います。設定情報はバッサリ削られている点は、作者さん（スレ主さん）としては、かなり辛かったのはずです。せっかくアイデアを起こして、設定まで練り上げたはずですから、少しは出したいのが人情でしょう。が、よく思いきられました。
ただ、お急ぎのせいか、粗削りであるようにも感じます。前回は大枠で考えての回答だったので、細かい点は抜きにしました。今回は少し詳しく見てみようと思います。単語選択等で既出のご指摘と被るものが出るかもしれませんが、ご容赦をお願いいたします。また、いろいろ長くなってしまっていますが、駄目出しをする意図ではありません。いろいろ可能性を考えましたので、文章量が増えてしまっただけです。
１．出だしの描写について
> 放課後のサロンの利用者は多い。
（細かいことを申せば、字下げがない。バサバサ削っては調整したからでしょうか。急造した影響を感じます。）
作者さん（スレ主さん）は既に「ここはアルイル総合士官学校内だ」と想定してお出でですね。しかし読者はまだ知りません。書き出しは慎重であるべきです。これだと、読者は面食らいます。「放課後」からは「学生が登場するらしい」と読めます。しかし、「サロン」がどこにあるかは分かりません。
現代の学生だと、放課後に学校の近く、あるいは（電車などを含む）通学路途中に寄り道することはよくあります。しかし、学校内にサロンに相当する息抜きできる場所がある例はあまり知らないはずです。
ですので、上記一文で「学校の外」をまずイメージしてしまう恐れがあります。
> サロンはアールヌーヴォー調の内装に瀟洒《しょうしゃ》な調度品が余裕を持って配置されている。
「アールヌーヴォー調」は、御作がドラゴンや魔法のある世界であることから、要注意な言葉になります。フランス（やベルギー等）が、この作品世界にあると示してしまうからです。かつ、19世紀末以降の世界であるとも示したことになります。「アールヌーヴォー調」という単語だけで、かなり世界設定が絞られてしまうわけです。
もしくは、地の文の語り手が読者の現実世界と、作品世界の両方を知っているキャラになります。全知に近いキャラになり、以降は嘘は付けませんし、知らないこともあってはいけなくなりますし、わざと大事なことを語らないことも許されなくなります（でないと、読者からは卑怯な語り手という印象が生じかねない）。
「ハリー・ポッター」のような世界観（現代に魔法とドラゴン等を持ち込んだファンタジー）ならいいんですが、そうでないなら現実世界の名詞を使うのは慎重になさるべきだと思います。
> 学校内でももっとも上等な空間なのは間違いない。
続く一文で「学校内」となって、場所に対するイメージの揺らぎが解消されています。一段落内だし、連続する文だとお考えかもしれませんが、読者への配慮は入念にする必要があります。こういうことが積み重なると、「なんとなく読みにくい」と感じてしまう恐れがあるからです。
これが、わざと揺らがせる、イメージ確定を遅らせて驚いてもらう、といった狙いでしたらいいのですが、出だしですし、この後を読んでもそういう狙いがあるようではありません。
最も簡単に問題を無難に解消するなら、例えば、
> 放課後のサロンの利用者は多い。サロンはアールヌーヴォー調の内装に瀟洒《しょうしゃ》な調度品が余裕を持って配置されている。学校内でももっとも上等な空間なのは間違いない。
> 故に、利用者は学院に対して多額の寄付を行った名家のみに限られるため、平民からの成り上がりは利用できない不文律がある。
↓
> ここ、アルイル総合士官学校のサロンは校長室でも及ばないほどの、校内でも最も豪奢な場所に違いない。内装の曲線美、調度品の瀟洒なことは類を見ない。それだけに事実上、富裕の名家の子弟のみが利用を許されていると言える。
などでしょうか（あまり練れておらず、すみません）。
２．投擲物・革袋
出だしはあまりに細かく申し上げましたので、少し端折って申し上げてみます。後半の飛竜騒動で、撃退の主アイテムが（後で明かされる情報を含めますと）「粉チーズとハードチーズが詰まった革袋（焼き菓子の材料）」ですね。そのこと自体は、冒頭の焼き菓子が伏線として機能している感じで、うまい運びだと思います。
ただ、イメージを思い浮かべるには不都合な情報の出し方になっています。最初に「投擲物」と表現していますね。
> これが騎士の最高位――【竜騎士】を目指す者の態度か、と逃げ惑う生徒たちを冷めた目で一瞥し、クーヤが重そうにワゴンを押してセレスの元に投擲物を運び込んだ。
（細かいことを申せば、主語クーヤを出すのがちょっと遅いかも。「～、と逃げ惑う生徒たちをクーヤは冷めた目で一瞥し、～」などのほうがイメージしやすそう。）
こう表現すると、運び込んだ物の目的は分かりやすい。ですが、形状が分からないわけです。絵的にはっきりイメージできず、絵の中に[投擲物]と文字を入れたような感じでしか想像できません。
ここはリアリティとスピードが必要な場面のはずです。迫りくる飛竜と対抗手段をくっきりイメージできないと、かなり損、もったいない。上記一文からかなり経ってから、
> クーヤが用意した投擲物は中身がぱんぱんに詰まった皮袋だ。運搬しやすいようについた持ち手を、セレスがおもむろに両手で握る。
と描写されています。これでは逆です。イメージしやすいのは、形状の革袋と示してから、使用目的の投擲物と表現する流れです。これより前にセレスが、
> 「……クーヤ、それは一体なんの真似事かしら？」
> セレスが胡乱な眼差しで、矢筒と弓を装備するクーヤを見た。
（これも細かいことながら、おそらく「真似事かしら？」（何かを真似ているのか？）ではなく「真似かしら？」（何をしているのか？）が適するはず。ただ、台詞は多少の言葉の混乱はあっても可。）
と言って、クーヤの行動に疑問を呈していますね。かつ、プロローグ最後のオチで、セレスが投げたのはチーズと気が付いてスラップスティックコメディになる。そこも踏まえると、なおさらに形状が先です。セレスの疑問に読者を同調させられれば、オチも効いてくるからです。
ですので、革袋→サイズ（人が入る）→投擲物、という順で情報を出すように文章を工夫してはどうかと思います。
３．爆発物について
既出ですが、チーズが爆発するのか、というのは疑問になります。読んでいて引っかかってしまうわけで、スラップスティックの騒動で締めくくるのを妨げかねません。「あれ？」と思いつつ笑うことはできませんから。
（その他、「じゃあ、焼き菓子も容易に爆発するのか？」「焼き菓子を焼いているときになぜ爆発しない？」等の疑問、邪推も生じかねない。）
ただ、スラップスティックでプロローグを締めくくっているため、ある種の手法は使えなくもないです。例えば。セレスに「どーやったら、チーズがあんな風に爆発すんのよ！」と叫ばせる。クーヤが「そこはそれなりの工夫でってことで」とか返し、少しながらきちんとドタバタを見せておけば、ノリで押し切ることもできます。
もしそうしてみた場合、注意点も生じます。チーズで武器が作れる、が設定上のデフォになってしまうことです。チーズが爆発物になれるなら、他の何でもないものも兵器になり得る、と読者は想定してしまいます。この後のストーリーに影響を及ぼすわけですので、設定を出すのは慎重に行う必要があります。
そこを避けたいのなら、「単なる爆発物では飛竜には不足だから、飛竜が嫌いそうな匂いを持つチーズも混ぜ込んだ」としておくのが無難になるかと思います。
そしてセレスが飛竜撃退後に怒り出すわけですが、チーズの伏線の使い方がもったいないような気がします。
> 「わたくしが厳選した粉チーズとハードチーズをどこへやったのかしら？」
で、チーズに言及するわけですが。チーズがなくなっていることに気が付いたセリフですよね（どうして在庫に気が付いた、というのは置いておきます）。ドラゴンは臭がっている。
セレスも匂いに気が付いてもおかしくない（必然ではないが、不自然にはならない）。飛竜だけでなく、セレスも攻撃中に「あれ、この匂いは？」といぶかしがったほうがいい（好物だから飛竜と対照的に、嫌悪感を示さず、むしろいい匂いという雰囲気で）。だけどバトル中は緊張しているので、それ以上はセレスは考えない。
飛竜撃退後、ようやく投擲物の正体に気が付けばいいわけです。かつ、量からして在庫を大幅に減らしたことにもセレスが気が付き、思考を進めて、例えば「これでチーズは在庫切れ、再入荷まで一週間は焼き菓子が食べられない」と結論し、クーヤに対して怒りが爆発、二人がドタバタと揉める、という段取りへの移行がスムーズに可能にできると思います。
要は、セレスの情動やテンションに読者を巻き込むということですね。クーヤは何をどうしているか知っているわけですから、クーヤ視点で読んでしまうと意外性がなく、スラップスティックへの移行も下手すると無理矢理感が出かねません。セレスであれば、飛竜撃退シーンではクーヤに主導権を譲っていますので、振り回されて感情（疑問→驚き→安心→怒り等）も動かせます。
４．ドラゴンの念話
前回も拝読しておりますので、『 』表記の台詞は飛竜のものだと思いました。もしそうではないのでしたら、この項はスルーしてください（ただし、それでも台詞主が曖昧～不明な点は気になる）。
バッサリと設定説明を削ったため、必ずしも飛竜が臭がっての台詞とは気が付けない恐れがあるように思います。「飛竜の念話が聞こえた。」程度の簡潔な設定説明を入れるか、飛竜の動作（首を振ったり、爆発から異様に逃れたがる等）で暗示してはどうかと思います。
以上、これらが全てではなく、サンプル的に取り上げてみました。他の部分も同様な気配りで推敲してみてはどうかと思います。簡潔にまとめてみますと「何の情報をどういう順序で出すか」ということになります。
現状で情報の量、質は問題ないと思います。順序だけは手を入れる余地がありそうです。少し並べ替えるなどして、今の文章と見比べてみて、作者さん（スレ主さん）なりの最善を工夫してはどうかと思います。ほとんどの読者はこのプロローグで、以降を読むかどうか決めるはずですので、手間をかける価値はあるはずです。