キャラクターによる殺害描写の返信

作品によるというか、作者が何を書きたいのかによるので、「絶対にダメ」とか「まったく問題ない」とか明確に答えられる話ではないでしょう。
アンチヒーローなんかじゃバンバン殺してますよね。
また、そうしたコンセプト上の話でなくても、例えば「ケリをつける」とか「物語を終わらせるために」とか、一種のケジメをつけるため、しっかり終わらせるという描写で主人公ないしレギュラーキャラによる悪人の殺害を明確に書いている場合もあります。
これで印象深いのは漫画「寄生獣」のラストですね。
ラスボスが死ぬか生きるか半々な状態まで追い詰めて、主人公っぽく「彼はただ生きてるだけだ、死ぬかどうかは自然にまかせよう」という感じの事を言って去るんですが、少し考えて、身の回りの人を守るためにやっぱり殺してしまう覚悟を決めて戻ってくる。
作者の後書きで「主人公が殺してしまうのはどうかと思ったから、敵の生死はあやふやなままにしようと思ったけど、それじゃ話がしっかり終わってないから主人公にケジメをつけさせた」という感じのことが書いてあって、あー主人公が迷ってたのは作者の迷いが出てたのか、と妙に納得した。

この場合、そのシーンの主旨は「主人公の選択」ということになる。だからしっかりケジメをつけて終わらせることが大事。
そのためには「殺す」ことも選択肢の一つだけど、ちゃんとケジメが付けば別に殺す必要はないので、少年誌など低年齢層に向けた漫画では基本的に不殺がまかり通っています。
要するに、敵をぶっ飛ばして反省させるなり改心させるなりすりゃ問題ないわけですね。

一方、悪人に主旨を置いた場合、すなわち「悪人にはどういう末路が相応しいか」という話になります。
そう考えると「強敵（主人公）と戦って敗れる」というのは、実に「良い死に方」ではないですかね？
例えば横暴で醜い領主が町娘をさらって好き放題していて、という悪人がいるとすると、そんな悪人に「主人公が直接手を下す」というのは、悪人には贅沢な最期じゃないかな？
それよりも「裸で広場に追い出され、それまで見下してた町民にボコボコにされ、瀕死になったところで女性に白い目で罵倒され、なんとか逃げ出したものの恐怖に囚われ汚い下水溝から出れなくなる」という生存ラストのほうが「相応しい最後」ではないかな。

こう考えると、「その悪人がどういう悪人か」と考えると相応しいラストが思いつきやすいです。
「仲間を仲間とも思わない非道な悪人」だったら「兄貴に裏切られて手下に殺される」というのが相応しいでしょう。
「お金に汚い悪人」だったら「財産を取り上げられ、貧乏になる」というのが相応しいでしょう。
「外面はいい著名人という悪人」なら「社会的に死ぬ」というのが相応しい。
「主人公に執着して何度も襲ってくる悪人」なら「主人公の手で」というのも一種の慈悲だし、許す選択肢がないならこれが相応しいと言えるでしょう。

ここからもとの話に戻って、「メインキャラに殺させるのは避けるべきか？」となると、「メインキャラに殺されるだけの価値がある悪人なのか」という話になります。
その価値がない、あるいは殺しは避けたいと思うなら、なんとか避けて悪人には「相応しい最期」を用意してやるべきでしょう。
価値があると判断できるなら、メインキャラに悪人を殺させることでメインキャラと悪人のキャラクター性がより良いものになるため、やるべきだと思います。