既存の作品とネタはどこまで被ってもいいのかの返信

「ネタ被り」という観点で言えば、基本的にどこまででも許される。
問題はその「ネタ」で何をするのかっていう内容で、そこがカブるとネタがカブってなくても似てる印象を与える。

内容関係なく、じゃあ、例えば「相手の目を見るだけで人を意のままに操れる。これをギアスと言う」と設定したとすると、「人を操れる」って能力のネタは何も問題ないけど、「ギアス」って命名はネタの話じゃくて言葉選びのセンスの問題でしょ。
そのネタと名前の組み合わせはどうあってもコードギアスを連想させるので、「避けたほうが良い」となるよね。
だから、例えば「自身に課した制約を遵守する限り使える能力。これをギアスと言う（ギアスは誓いや義務や制限を意味する）」って設定の場合は、別に「コードギアスからパクったんだ」とはならない。
ギアスって言葉自体がコードギアスから知られるようになったと思うから連想する人は多いだろうけど、語源は別にあるからね。
でもまあ、パクリではないが連想する人が多い時点で避けたほうがいいかなとは思う。

で。
例えば、
主人公は人心掌握に長けてるけどコレといった超能力を持ってるわけではなく、外国に占領された元日本国で暮らす某国人で、実は王位継承権を持っていて、日本を奪還しようとするレジスタンスと同調して王たる父親に反旗を翻し、人形ロボットを駆使して旧友のライバルとすったもんだあって、日本を取り戻し父親に復讐を果たす。
という物語があった場合。
これって「ギアス」って能力が出てこないコードギアスだよね。
このように、内容が同じだと設定が違っても同じ印象になる。

つまり、「ネタ」というか質問内容ではネタ（話のネタ）と言うより能力のネタ（設定）って意味だと思うから、設定被りで回答してるけど、
設定のネタは別にカブっても問題ないっていうか、むしろ既存作や人気作を参考にして面白いものを見つけてください。
問題は「そのネタで何をするのか」っていう中身。

ただ、ネタが同じだと内容も似通ってしまう場合があると思う。
例えば「人を操れる能力」を想定してバトルものを考えるとどうしてもコードギアスに似てしまうな、とか。
で、意図的にズラそうと思ってもなかなか既存作のイメージから抜け出せなかったり。
それは「人を操れる能力」に対してコードギアスって先入観を持って話を作ってるからで、その先入観が介在しない方向性で思考すれば割と問題なかったりする。
「人を操れる能力」で「戦闘もの」をしようとするから先入観が入って似てしまうんであって、「人を操れる能力」で「ミステリ」を想定したら全然別物になる。
むしろ、被りなんて気にせずコードギアスの設定や展開、構成なんかをそのまま使って、少女漫画を作ってみると、丸パクリしてもまったく別モノに出力される。
ちなみにこれはわかりやすよう「丸パクリ」と書きはしたけどパクリではなくて、立派なアイディア思考法の一つ。

だから、
＞例えば、おしっこをもらすのを我慢するのに、走り回っておしっこする場所を探すという展開は、そのままシチュエーションを変えて流用しても大丈夫ですか？
どの程度変えてどう使うのかわからんけど、基本的にはそうやってシチュを変えて流用するのはプロでも割とよくやると思うよ。読者が気づかんだけで。
例えばハンターハンターの富樫は、鳥山明とか高橋留美子とか先達の漫画家から結構な量のアイディア拝借をしてる。
そもそも、そうやって真似て自分に合うよう変えて、更により良くしていくことが技術の学習と技術の発達に繋がるので、どんどんやってください。

＞例えば、目を見て命令をくだせるというものはそのまま使うと盗作になるので、変えた方がいいですか？
変えなくていい。というか催眠系のエロ本は１ジャンルを築いてるほどで、女の子を意のままに操ってエロいことする内容はくさるほどある。それこそギアスよりずっと前から。
前述したけど、設定よりも問題は内容のほう。