申し訳ないけれど、話が終わってないと物語や設定には口出しできないので、途中のものを出されても意見のしようがないかなと思います。

その上で回答しますが、
まず、500字ほどにまとめたいというのは「プロットを５００字以内に収めたい」という話でいいんですよね？　この内容を「５００字以内で執筆したい」という意味ではありませんよね。
とすると、単に場面を要約すれば良いだけなので、

序：不審なトレーラーに主人公がはねられる。
１：病院で目覚めるも、ある晩に目が覚めると主人公は実験室のようなところにいた。
２：主人公は事故の大怪我から改造されて延命させられており、そのことは催眠術で記憶を消されていた。
３：主人公が病院からいなくなったことで捜索部隊が出ていたが、それを改造主人公が撃退する。

――という感じでまとめていけば良いかと思います。
ただ、要約した時点でわかるかと思いますが、「序」は事の始まりなので「トレーラーにはねられる」ことで事態は展開します。そういう内容が書かれています。
しかし「１」から先は、単に状況が書いてあるだけで例えば「実験室にいた」という事実は何も話が展開していません。自分がいる場所を書いてるだけ。
少し言葉を変え「実験室のようなところに拉致された」と書くと、拉致されたことで事態が展開していることがわかります。
すると内容は「主人公は知らない間に実験室のようなところに連れてこられた」とするよりも、「主人公はある晩に襲われ、気がつくと実験室のようなところに拉致られた」としたようが良いのではないかな、と考えられると思います。
拉致した女が事情を説明するために「２」の展開をして、「主人公の記憶が戻る」ことで次へと展開させられます。
と、このように「展開する要素」でまとめていくと良いのではないかと思います。