返信ありがとうございます！
誰かに小説の相談をするのは初めてだったのですが、こんなに詳しく考察していただけて嬉しいです。
そうなんです。最終的にシオンはルキウスの体に居候させてもらう形にしようと思っているのですが、どうやってそこまで持っていくか悩みます。
シオンとルキウスの共闘は自分でも考えていたところです！
月の神が関わってくるのも良いですね。自分では思いつきませんでした。
一応、ぼんやりとですが最後までのイメージはあって、まとめるとこうなります。

・ルキウスと再会。一緒にシオンを除霊しようとするが、うまくいかない。
・ なんらかのきっかけ→ニーナとルキウスが両思いになる。
・シオンが嫉妬で悪霊化し、ニーナはルキウスと協力して事態を収める。
・シオンが消える。

・ニーナはシオンへの思いに気づく。
・ニーナのピンチ。消えたはずのシオンが現れ、ルキウスと共闘してニーナを助ける。→和解
・ニーナはシオンとルキウス両方と恋仲になる。

ここから具体化していかないといけないのですが、なかなか思い浮かばず。
元々最初に思いついたのは「死んでもついてくる」という言葉でした。そこから、死んでまでつきまとうならヤンデレかな。どうせならヤンデレを返り討ちにした方が面白いな。主人公が人を殺してしまうような状況ってなんだろう……と想起していった感じです。
なぜその状況になったのかは、割とスムーズに思いつくのですが、問題をどう解決するかで詰まってしまうようです。

貴重なアドバイスをいただけたので、何とかこの先を形にしていきたいと思います。