大枠は良いと思う。
完成度高くないと書かれているけど、あくまで大枠はほぼ完成でイメージは固まった感がします。
たぶんスレ主さんが完成度に不満を持っているのは、たとえば内通者の存在がフワッとしてて決めかねていたり、戦闘自体がほぼ全て結果のみでダイジェストにもなってないあたりじゃないかなと思う。
こういうのは、そこはそれで別途考えりゃいいので、大枠としては完成形だと思います。

また、それと同じようなことで、
＞しかしオルフェンズの執念はこの状況を押し返し、Xを徐々に追い詰めていく。
このあたり。
その「執念」を別途組み立てないと「仲間がやられたんだから当然でしょ」感が出てしまうし、最初に無意味な犠牲（帰還中の部隊が襲われたとこ）が出てるのは団長が極秘依頼に参加しなかったために起こったように見えてしまい、団長の無能感が出ちゃってる気がする。
例えば、団長は過去に仲間を侮辱されたことで問題を起こした事があるみたいな仲間思いのエピソードを作ったり、極秘任務は中立などなどいろいろあるけどそれ以上に新兵を入れたばっかで危ない橋は渡りたくなくて、だから比較的安全な別任務を新兵の最終試験として課したけどその帰還時に襲われて半数が死傷する結果になった、とか。
その新兵に主人公が団長の過去エピソードを語ってみせて、団長の株を上げると同時に新兵への感情移入を助け、死亡フラグにしてしまうってのもアリだろうんと思う。
つまんないミスで怒られた新兵を励ますために主人公が飲みに誘うとかってワンエピソードだけで成立しそうだし。

あとはやっぱ内通者がフワッとしてるのが気になるけど、まあでも、Xを撃破することを主軸にしてりゃ内通者のことは物語に重要ではない位置に置けるだろうし、意外と内通者のほうは掘り下げないほうがいいんかな。
処刑じゃなく投獄からの脱走で次回作以降でも関係してくるキャラとかなら掘り下げたいとこだけど、物語はあくまでXを撃破することで犯人ないし黒幕探しではないから、掘り下げるとしてもサブプロットで別に作る感じだろうし、そこは作者判断か。

まあ、あくまで完成度が上がったと思ったのは大枠で、こっから細部を作り込んでくことになると思います。
ほんで、お節介かもしれんけど、その細部を作り込んでくうちにゴチャゴチャになってわけわかんなくなる事が多いかと思うので、
細部は、基本的にこの大枠プロットを広げて埋めてく作業なので、この大枠プロットの中から書きたい部分を中心に抜き出して、そのエピソードを作って最後にまとめる、って行程をするとたぶんわかりやすいと思う。
今回私は
＞しかしオルフェンズの執念はこの状況を押し返し、Xを徐々に追い詰めていく。
ここを抜き取って簡易的なエピソードを例として作ってみせたけど、それと同じことを「作者が書きたいところ」から優先順位をつけてエピソードを作る感じ。
私の例では「新兵がミスして凹んでるのを見て主人公が飲みに誘い団長の過去話をしてやる。それを切っ掛けに新兵は団のためやる気を出して最終試験の任務へと出発。しかし新兵は帰還途中の襲撃で帰ってきたのは右腕だけだった」とか、こんな感じで「Xに対する執念」を表現した。
ある程度作ったら全エピソードを通して読んでみて、エピソード間の流れを大枠を参考に整えて、そしたらあとはもう「これ文章に起こすだけ」のプロットになってると思う。