ゼウス、サタンは共にオリジナルの名前の方が良いと思います。やっぱり既存の名前はイメージに引っ張られてしまうと思うので。
　ストーリーに関してですが、バッドエンドの物語は終盤に盛り上げてラストで一気に落とすのが常套手段のようです。なので
・サタンがゼウスへの対抗手段として自身を神とする宗教を立ち上げる。
・一部の人間から信仰を得ることに成功する
・信仰が徐々に広まり始め、いい感じになる
・しかしゼウスを信仰する人々と宗教戦争になりサタン信仰は途絶える。サタンも同時期にゼウスに敗れる。
みたいな流れを入れてみてはどうでしょうか？