どちらかと言うと本編は、二度目の異世界からの
＞「因縁のテロリスト」率いる集団が暗躍していることを知り、その情報を収集、最終的にはその組織を壊滅に追い込み、テロリストを捕縛若しくは殺害し「王国」を守り切る
というこの部分でしょう。
最低でも物語の中盤からはこの展開にすることになると思うけど、正直なとこ主人公や日本政府に異世界へ渡ったテロリストをどうこうする理由がないし、国交もなく要請もない王国を勝手に守る理屈がない。
なので、この設定のまま通すのであれば、如何に上原三佐が心情的に王国（まはた国王、異世界の関係者）を見捨てられないかという部分で押し通すしかないと思う。
その場合は日本国からの援助は受けられない（許可がなければ当然武器弾薬の補充は出来ない）ので、手元にある武器だけでテロリストに挑むっていう、それはそれで盛り上がる場面を作れるけど、この構図を冷静に客観的に見るとやはり上原三佐の青臭い正義感に見えてしまうので、少なくとも規律や命令が絶対の大人の軍人（自衛隊だが）の対応ではなく、上原三佐が少しガキっぽくなってしまうと思う。

なので、中盤でこの展開になったら上原三佐は独断でテロリストと戦うことは出来ないとして、王国を守ろうという仲間の意見を押しのけてあるいは王国側からの要請を断って帰還を選択する（ここでリアリティある現実的な自衛官の対応を書いておくことで説得力を出す）。けれど帰還をする前に、上原三佐たちには「テロリストと戦わわざるをえない理由」が出来てしまう。上原三佐は迷うけど、テロリストと戦う選択肢しかない現実を受け入れてテロリストの組織を壊滅に追い込んでいく。という流れが良いんじゃないかな。

ここで問題になるのは「テロリストと戦わざるを得ない理由」とは何ぞやってことだけど、
まあ、
＞その物体は単体では効力を発揮しないものの、一定空間内に幾つか揃うと効力を発揮して
この設定を利用するのがいいんじゃないかな。
上原三佐たちが持ってる「物体」は複数個あって世界の移動にはギリギリ。そのうち一つでも機能しなくなれば帰還できなくなる。
だから、瀕した国王が上原三佐たちが持つ「物体」の一つを破壊して、テロリストが持つ「物体」を奪うしかない状態にするとか、地球人にはわからないけど「物体」には魔力が込められていて世界移動を繰り返すうちに気づかず電池不足になってしまいテロリストの「物体」を奪わなければ帰還できないとか、あるいは日本国のほうから「テロリストはどうでもいいが、「物体」の重要度は高いから彼らの「物体」を奪取してから帰還しろ」と言われてしまうか。
とにかく「上原三佐たちはテロリストと戦わなくてはならない」という状況を作り出すのが良いと思う。

ぶっちゃけ、異世界にいるテロリストは上原三佐たちにとってそれほど脅威ではない（異世界各地でテロを画策ってことは異世界が拠点で、テロリストこそ武器弾薬の補充がキツいだろうし、はっきり言って上原三佐は心情的に思うこともあるだろうけど自衛隊には異世界のテロなんて無関係）から、
＞「因縁のテロリスト」が、独自の武装国家構築を企み、異世界各地でテロを画策
このあたりは上原三佐ないし自衛隊には割とどうでもいい事で、物語の中で緊張感を煽ることは難しいと思う。
ただ、テロリストたちは水面下で動いてて、上原三佐は情報収集で知りつつもスルーか王国へ警告程度（そもそも他国で許可なく武力行使は出来ないし）。
でもそうやってちゃんと対応しなかったことが災いして、中盤以降の「戦わざるを得ない状況」で一気に脅威となって困ったことになる。

とりあえずディティールは無視しておおまかな流れだけを提示された設定から組み立ててみたけど……
というのも、「テロリストとの戦い」がこの話の本題になるのに、そのことが今回書かれたの内容の終盤ちょっとしか書かれてないので、おそらく設定とか辻褄とかを考えていて本筋の物語の流れをほとんど考えてないのではないかな、と危惧したからで。
別にこの通りに作れとか、こういう案が良いとかって話じゃなくて、単に作例の一つってだけね。
長いけど今回の返信で言いたいことは、「テロリストと戦う理由が薄いんじゃないか」ってことで、その対策として「戦わざるを得ない状況」を作るのが良いのではという意見と、その作例。ということです。

テロリストと戦う展開自体は別に問題はないと思う。
突拍子もないとは思わないし、話が急って感じもないです。
でも多分それは、作例の中で少し触れたけど、今回の内容を読んで私は、割と早い段階で上原三佐は情報収集の結果テロリストの存在を知っていて、それを脅威ではないとスルーしてるのかな、とイメージしてたからかもしれない。
早い段階でテロリストを出して異世界で暗躍してるってことを読者が知っていれば、当然のこと「この黒幕っぽい人物（テロリスト）と主人公はそのうちぶつかるんだろうな」と予想できるので、それが期待感となって終盤のクライマックスで決着がつくわけだから、
序盤で上原三佐が異世界に迷い込んで情報収集をしつつ村を助けて地球へ帰還し（村を襲った何者かが地球産の何かを持ってたとかテロリストへの布石を起きつつ）、中盤で因縁のテロリストの回想を入れて異世界で暗躍してる何者かを暗示させて情報収集で「因縁のテロリストが何か企んでる」と知りつつスルーしてて、「戦わざるを得ない状況」が発生して終盤に情報収集の成果からテロリストの組織を攻撃しはじめて最終的に戦闘の規模が大きくなって、因縁のテロリストを倒し、物語は終わり。
ちょっと妄想がはかどってしまったけど、再三これは私個人の適当妄想なのでってことを念押ししておくけれど、私はこんな感じでイメージしたので、あくまで今回の内容を読んで私がしたイメージの中では全体の流れに不都合なところはないように思います。