要約すると、主人公が因縁あるテロリストと異世界で戦う話、ということだけど、異世界というのがネックで「悪党をこらしめて終わり」では終わらない（異世界は本来主人公には関係ない場所なので、そこで果たす義務も無く、行動理由が青臭い正義感になってしまうし、テロリストを倒したところで異世界に迷い込んだ事態の解決にはならないため、テロリストを倒したところで話が終わらない）ので、
＞上原三佐らはそれに立ち向かっていく…
立ち向かい、結果どうなる、まで考えましょう。
主人公は自力での帰還を果たしているようなので、もはや主人公たちは「帰還」を目的とはしておらず「情報収集」の目的が、つまり主人公たちの行動理由が曖昧になってしまってるので、そこに「テロリストを倒す」という目的を与えるのは良いと思いますが、上手く「テロリスト」が本来主人公たちが果たすべき目的の障害として機能するように組み立てるのが良いと思います。
例えば、テロリストが異世界へ迷い込んだのは偶然だけど、そのテロリストが力をつけて地球へ侵攻を目論んで実験を繰り返し、その結果、地球へアクセスすることは出来たけど偶然主人公たちを異世界に呼び込んでしまった、みたいな。こうすっと、テロリストとの戦いが「異世界へ迷い込んだ」って設定の回答にもなるし、地球へ侵攻しようとしてるテロリストを倒すことがすべての問題の解決になる形にできるかなと思う。けど、これは適当な例なので、こんな風に上手く設定を物語の展開に混ぜましょうね、って話なだけね。

それと、いろいろ面倒だから「タリバン」は止めたほうがいい。
タリバンはイスラム教のいち組織なので、べつにイスラムに限らないけど、実在の宗教組織を明確な「敵」として登場させるのはどうかと思う。
……と思ったけど、よくよく読んでみると、「あるテロリスト」がタリバンを操ってテロ活動をさせていた、というだけで宗教色は無いのかな。
書かれてる内容の中でも、ちゃんと「テロリスト」と「タリバン」は分けて書かれてるように見えるし。
とはいえ、うーん。まあ、別に商用作品ではないから問題にはならんと思うけども、イスラムの最高指導者をネタにした萌系ギャグラノベがあるくらいだし、うーん……
漫画とかなら絵があるし「テロリストっぽい人」「タリバンっぽい人」で明確に書かずに済むから問題ないんだけど、「アフガニスタン」ではなく「中東」にしたり、「タリバン」を「武装組織」にしたり、ある程度の気遣いはあったほうがいいかなと思うかな。
「NGOの医師団」は「国境なき医師団」とか実在名は使ってないじゃん？　それと同じことでさ。
おそらく本編である異世界の話の中で過去編や回想などで登場する程度だと思うので、濁しても問題ないのではないかなと思います。