遅ればせながら返信失礼いたします。私のような未熟者の質問に返信を戴き、誠に感謝申し上げます。
他のお二方もありがとうございます。
そうですね… ここ数か月、時間があるときによく考えてみましたが、やはり実際に書き出して完走出来ない理由は、サタンさんのおっしゃる通り、「設定は考えられるものの…」という部分だと思います。設定を考えたり先の展開を大まかに想像したりすることはできても、そればっかりで「物語」が書けないという指摘は、本当にその通りです…
そしてプロットの到達点がどのような形になるのか、一切記載をしていなかったことに後で気が付きました…
誠に申し訳ありません。

現時点の作品のプロットの案としては、以下のようなものとなっています。
まず、作品の舞台は2022年頃、記載したとおり、防衛省情報本部に特別行動部が創設され、主人公の上原三佐が特殊作戦を行うチームを率いるところからメインの話が始まります。
ですがそのプロローグとして、舞台設定年の2年前である2020年、特別行動部の創設を巡り要員として採用される予定の候補者は、日本の同盟国各国の軍事基地や大使館等に派遣され、そこで候補者がどのような行動をとるかというある意味選抜試験のような形で各地へ派遣されます。
主人公の上原三佐も例外ではなく、当時一尉だった彼が日米の連絡担当官という名目で派遣されたのは、アフガニスタンのバグラム空軍基地で、明確な任務も与えられず、ひたすら現地の駐留米軍と親交を深めたり訓練に明け暮れます。
そんなある日、武装勢力のタリバンが現地で活動中だったNGOの医師団を拉致、そして拉致事件の裏ではタリバンが結集し、アフガニスタン各地で同時多発的な爆弾テロを引き起こそうと画策、そしてその裏で計画の糸を引いているテロリストがおり、その人物が後々の異世界篇でも関わってきます。
事件を受け上原一尉は、拉致された医師団の中に日本人の医師が含まれていたことから、本来は救出作戦参加の権限がないにも関わらず、危険を承知で参加。結果として米軍や英軍の特殊部隊と協力し、人質に多少の犠牲は生じたものの生存していた人質を救出。同時に集結しつつあったタリバンも掃討し爆弾テロを防ぐも、独断で作戦に参加したことが日本政府に知られ、帰国命令が出されます。
帰国後、免職を覚悟していた上原一尉でしたが、面会した上官から今回の一件について称賛され、特別行動部の創設を打ち明けられます。
そして2年後、諸々の事情で異世界に飛ばされてしまい、最低限の情報収集を行ってなんとか日本へ帰還します。そして上司から命令を受け、再び異世界へ情報収集のため向かい情報収集を行っていくが、その過程で2年前のアフガニスタンでのテロ未遂事件を裏で糸を引いていたテロリストが同じ異世界に流れ着いており、共に流れ着いていた複数の配下と共に異世界に武装国家を構築することを計画していることが分かり、上原三佐らはそれに立ち向かっていく…

長文になりましたが、大体このような形となっております。まだまだ不十分なところはありますが、気になったところ等がありましたら、また指摘して頂けるとありがたいです。よろしくお願いいたします。