「透明になる能力をつかえば、つかうほど、周りの人の記憶から、消えます」
この設定は良いと思います。

「透明になる能力以外は、すべて、現実っぽくしたいです」
これも嘘は１つにすべき、とうフィクションの基本を押さえています。

No.2高校教師(女)
　自分の好きな人に好きになってもらうために透明人間になる。

このあらすじですが、これもイイですね。
自分の好きな人に好きになってもらうために、透明人間になるのが、そのことで、好きな人から忘れられるという展開でしょうか？
ただ、ストーリーの説明が簡素すぎるので、もう少し具体的に詰めてもらればと思います。

透明人間になる能力をどうやってこの女性は手に入れたのか？
その能力をどのように活かして、恋を成就させようとするのか？
恋の相手はどんな人？

この３つを書いていただければと思います。

私の案ですが、片思いの男性が抱える問題を、透明人間の能力を使って解決してあげる。
男性は喜ぶが、次に会ったら、男性の記憶から自分の存在が消えかかっていることがわかる。
初めて能力のリスクを知る。
男性が大きな事件に巻き込まれ、助けるために透明人間になって解決するが、すべての人の記憶から自分の存在が消えてしまう。
男性と街ですれ違って、「君の名は？」と呼ばれて終わり。

すみません。ラストはもろパクリなので、アレンジする必要があると思いますが、こういう展開はどうでしょうか？