返信有難うございます。
物語の本編としましては、少女が生きる意味を模索するという内容で間違いないです。しかし、それをどういう展開で転がすかがいまいちピンとこないんです。
一応考えているのが、

マリーが目覚める。
↓
親病院からお節介な人(仮名A)の働く子病院にマリーが送られる。
↓
担当になったAはマリーと色々話す。
↓
その後親病院の院長に呼び出されたAは、彼女が100年前に作られたクローン人間だと知らされる。
そしてホス家からサイフォード家に引き渡すまでの間、彼女の面倒を任されることになる。
↓
子病院に戻ったAはマリーからドクターの存在を知らされる。彼女が言うには、その「ドクター」と呼ばれる人物は彼女にとってとても大切な人で、彼女が気を失う前に「生きて幸せになってほしい」と言ったきり、安否がわからなくなっているらしい。
↓
それを聞いたAはそれが100年前の事件ではないかと疑う。そして彼女の記憶が戻れば何かわかるかもしれないと思い、そのきっかけを作るため、引き渡すまでの間、彼女の願いもあり、病院で彼女を働かせることにする。
↓
ここからマリーと患者のストーリーが始まる。(あまり考えてないです。)
↓
記憶が戻るにつれ彼女は自分は生きていていい存在なのかと悩み苦しむことになる。
↓
そんな時、サイフォード家への引き渡しが決まり、Aや患者たちに別れを告げる。
↓
マリーの輸送中、新人類反対一派に襲われて、マリーが奪われる。(拐われる)
↓
シオンとの100年前の走馬灯
↓
目覚めるとそこにはシオンの父親がいた。
↓
そこは100年前の医療技術で治療困難な人たちが冷凍保存されている場所。
↓
父親は自分は不老不死だと告げる。父親が黒幕だと気づく。
↓
100年前の人類の歴史、不老不死の実現について語り出す。
↓
そして彼の目的が最愛の妻(シオンの母親)を生き返らせることだとわかる。
↓
反論するマリー
↓
父親が苦しみ出す。チャンスを見計らって脱出を試みるも背後から銃で撃たれてしまう。
↓
サイフォード家諸々が助けに来る。
↓
父親が自殺する。時限爆弾が作動。
↓
閉じ込められるマリー。
↓
生きる希望を失う。しかし、Aや患者たち、シオンの言葉を思い出し涙する。
↓
体を這いずりながら、爆弾をとめに行き、やっとの思いで爆破を止めることに成功する。冷凍保存された人々を救う。
↓
初めてAと会った子病院のベットで目覚める。
↓
Aが見舞いにくる。色々話した後、Aがもういない自分の家族についてマリーに初めて話す。
↓
マリーは彼が自分と同じ立場にいることに気づく。そして彼の言葉に励まされ、もう一度病院で働くことになる。そしてこの新しい人生を幸せに生きることを決意する。
↓
患者とのストーリー
↓
サイフォード家への引き渡しは中止になる。
↓
マリーは親病院(ホスピス)の初代院長(ホス家)のもとを尋ねる。100年ぶりにシオンの親友に会う。←118歳
↓
シオンのことなど色々話した後、ある手紙をもらう。それは100年前にシオンが親友に預けた手紙だった。(これがタイトルに書いてある「100年後のあなたへ」の意味です)
↓
100年に一度の彗星を背景に物語は終わる。

こんな感じなんですが、自分は小説をそんなに読んだことがなくこれを文章にする語彙力も持ち合わせてないです。なのでおすすめの小説(似たような内容の)が有れば教えてくれませんか？あとストーリーについての意見が有ればお願いします。