私見でしかないけども、完走できない理由はほぼほぼ
＞設定は考えられるものの
コレだと思う。
設定作りは楽しいし、キャラや世界観が出来てきてイメージも固まって作れてるような気がするけど、「設定」と「物語」は別ものなので、これでは物語は作れていない。
ようは演劇をしようってときにステージから小道具から作ってるようなもので、それでは脚本は真っ白のままでしょう。
そしてこれを繰り返していると、「物語を作ろう」と思うと「設定作り」をしちゃう。
考えても考えても形は出来てる気がするんだけど一向に小説として物語が出力できない。そんな状況になっちゃう。
なぜなら、スレ主さんがいま必死にやってることは使うかもわからない小道具作りで、脚本には一切手を付けてないから。

さて、プロットですが、
まずは適当でもテンプレでも何でも良いから「最後まで作りましょう」というのが真っ先に来る助言です。
最終的にどうなるのかもわからないと上原三佐の部隊の物語が一切わかりません。
周囲の調査をして何かの事件に巻き込まれて最終的に主人公たちはもとの世界へ帰ることができるのか、できないのであればどこでどうするのか、どこが落とし所なのか。
例えばここで私が「異世界に行った以上は上原たちは元の世界へ帰るために行動するのだから、帰還のためのヒントやその手段を用意して段階的にそのエピソードを作っていこう」と助言したところで、スレ主さんが「いや、彼らは帰ることが出来ず異世界に定住します」と答えたら、こっちとしては「それプロットに書いてないじゃん。最初に言えよ」ということになる。
作り慣れてないとなかなか出来ないことだとは思うけど、プロットにはオチは書きましょう。
オチがないと、つまり物語が到達する目的地がわからないと主人公たちの行動がわからない（作り手として主人公たちを想定できない）ので、「物語」に関して第三者には何も助言できません。

なので、まあ私の妄想ってことで、参考例を書くと、
まず上原三佐の部隊は意図せず異世界へ行ってしまうわけだから、最初の彼らの目的は現状把握と帰還方法の模索でしょう。
繰り返し、あくまで私の妄想であって「こうしろ」って事じゃないことを強調するけども、
上原三佐の部隊の目的は帰還であるから、情報収集は最低限の現状把握が出来るだけで良く、それ以上は目立つ行為は避けたほうが無難だから積極的に情報収集する事に違和感が出てしまう。
なので、現状把握が出来たあとすぐ、早い段階で上原三佐たちは元の世界への帰還方法を得たほうがいい。少なくとも上司と連絡が可能となることで「上原三佐は命令遂行のために情報収集を続ける」という名目が出来るため、作者が書きたい雰囲気である「情報収集」が書きやすくなる。適当な理由つけて上司から命令されればどこにでも行けるわけだし。
そして、その情報収集から異世界の全体像を把握してきたところで異世界側の問題に巻き込まれ、撤退が間に合わず元の世界からの連絡も断絶、再度もとの世界と連絡を取るため行動するが前回とは違って困難で、ギリギリで部下たちを帰還させて自分は異世界に取り残され、最後の通信を残して連絡が途切れる。
で、終わりかな。

すると次考えることは中盤に起こる「異世界側の問題」で、これはさすがに作者の趣味とか方向性が出てくる部分だし例として挙げづらいけども、Gateの場合は皇太子の謀反っていう異世界の国内問題で、これはGateの物語の中で彼らが動いてる理由が「国交の樹立」であるため、その目的を阻害する要素、つまり障害として皇太子の謀反があった。
だから、ここでもやっぱオチがないと決めづらいのだけど……
えーと、作者がやりたいことは情報収集してる雰囲気だから、そもそも情報収集それ自体が問題になるような出来事、かな。
んと、じゃあとりあえず、その異世界はもはや終わりかけてて崩壊を待ってる世界で、滞在するのは自殺行為だった、ということにしてみようかな。
情報収集で異世界の人間すら知らないようなことを知ってしまった、日本政府はどうしようもないから情報統制して世界の終わりを知られないようにしつつ撤退を開始、主人公たちは異世界を救う手段を知りつつも自分たちには実行できないことも知っていて、悩んだ挙げ句、実行できないことを実行しようとする。
そこから一気に世界の終わりが訪れての撤退戦。部下をなんとか元の世界へ送り返し、主人公は世界の終わりが元の世界まで行かないよう次元の扉を閉めるために残る。
異世界を救う手段が上手くいってれば通信が来るはず、と待ってた部下たちのもとに通信が入るも、再び次元の扉を開く事は現状では不可能で自分は帰還できないとなって、主人公はそれでも帰還を目指して今度は次元の扉を再び開くことを目的に、異世界で出来た仲間と共に行動をはじめた。
ーーって感じかな。
やっぱなんかそこはかとないGate臭がしちゃうかな。終盤が原作終盤と同じ撤退戦で、ここで問題になるのが次元の扉の再建になってるあたりが似てる印象になった理由だな。
こっから更に詰めて、「なんとか～～する」って書いた部分とか具体的ではない「異世界を救う手段」とかを具体的にしていけば、物語そのものは成立させられる。

で。
こういう「大筋」を考えたら、そっからようやっとディティールを考える作業に入れる。
＞異世界の詳細な世界観や向こうの世界における人物や種族、土地の設定、情景描写など、
とあるけど、私が例として作ってみたストーリーの中に登場しないであろう土地や種族について、この例では考える必要はないでしょ？
このストーリーに出てくると想定される種族や土地についてしっかり考えるべきで、まず設定を考える大きな優先順位はそのようになる。
そのため、つまり、まず脚本がないとその脚本で使う小道具は作れないよ、作れたとしても使うかどうかわからんものになっちゃうよ。ということですね。
この例の場合、「異世界が終わりかけている」という事実を主人公たちはどう知ったのかって問題がある。
異世界には多くの種族がいて、彼らは基本的にあまり交流しない。そのため情報を拾い集めて精査することで異世界人が気が付かない事がいろいろわかる。
問題に対してこのように考えた場合、
種族ごと個々に固まってそれぞれの集落がある世界観だと想定できる。交流がないということはそもそも交配できないとすると、ハーフというのも存在しない。でもその中で人間だけは比較的多くの種族と交配可能で、それゆえ人間は警戒されやすい場所もあれば歓迎されやすい場所もある。すると人を中心にした多種族国家もあるのかもしれない。

そんな感じで設定したとすると、
主人公たちが最初に助けた商隊は警戒心の強い獣人の商隊だった、というのがいいかな。助けたことで警戒心が解けるし、そうすっと「獣人は警戒心が強い」ということが書きにくいから、獣人の商隊には人間族が一人混じってて、彼（彼女）が今後の異世界の案内役に適任か。
ならこの案内人は獣人の村と人間の国との間を行き来する商人で、人間の国のほうに家を持ってるかな。
じゃあ、獣人の村で少し情報収集して現状把握をしたら、目立たない服をもらって案内人と一緒に人間の国に行く流れかな。いや、２・３人で人間の国に、残りは獣人の村での調査か。
すると、主人公が人間の国に行ってるあいだに獣人の村で何か起こって、主人公たちはいそいで戻るってのが王道の流れか。その逆で留守番メンバーが主人公を助けに来て人間の国で合流って流れでも良いか。

……とまあ、「大筋」から種族の特徴や土地についてなどディティールを考えていく。
スレ主さんのように最初に設定から考えるやりかたでも良いのだけど、その場合、つまりは作った小道具を出すための脚本を考えるという作業になるので、これはこれでアリなんだけど、その小道具の量が多かったら大変だって事がわかると思います。
つまり、設定が多いとまとめるエピソードが多くなって大変。
だから、この方法の場合は考えるべき設定はかなり厳選して脇道に逸れるとすぐ設定が増えるし、増えた設定をエピソードに盛りすぎないようにする必要があります。
個人的には、そもそも物語の作り方を知ってる上級者向けの方法だと思う。

ちょっと書きすぎたけども、設定はあまり考えず物語を考えましょう。
最初に、終盤までの流れの大筋を作ってしまい、そっから具体的にしたりしてディティールを整えていきます。
大筋の流れは、オチ、最終的にどうしたいか、そういうのを考えておくと、あとはその道筋を作るだけなので、適当でもなんでもとにかく作ることはできます。
人物設定についても、ある程度は考えておいたほうがいいけど、人物が行動するには目的や理由があってのことで、逆を言えばそれさえ決まってれば人物設定は十分だと思います。