主人公のヒロインへの信頼感のブレが気になる。

世界中でRuiだけは信じることができるという主人公なら、序盤の「一緒に世界を壊そう」と提案されたとしても、この主人公なら有無を言わずに手をとるのではと思いました。

提案（参考までに）
話の流れを少し変えてみませんか？

現実での主人公の様子を描写
↓
それを心配した幼馴染から話しかけられる。成績が良くない、ゲームのやりすぎ等のことについて（あくまで心配している様子を重視）
上手く説明できずに喧嘩
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もやもやしたまま家に帰るとRuiからとある物を贈られる。
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「一緒に世界を壊そう」と提案を持ちかけられる。
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学校での件もあり、現実に嫌気が指していた主人公はその手をとる。

ゲーム世界での経験を元に現実でも、人と関わっていこうとする、主人公の成長を、幼馴染との関係修復というプロセスを通して主人公の成長を表現できればよりいいのではと思います。

それから、もう一つ。これも、主人公のヒロインへの信頼感のブレが気になる箇所で。
～RuiがAIであることを正確な意味で理解した玄臣は、ネットでそのプロゲーマーに対する評判を見て「AIに抱いている気持ちなど偽物」なのではないかと考えてしまう～

とありますが、これも主人公は気にしないのではと思いました。
どちらかと言うと、この件で気にするのは、ヒロインであるRuiなのではと思います。主人公は自分に優しくしてくれるが、それはただゲームが上手いからだけなのでは……とか、自分は生身の人間では無いし……などの不安から不調となってしまうRui。それを庇いながら戦う主人公とかかっこいいと思います。（また、生身の人間である幼馴染を対比の関係でストーリーに絡めてくると面白いかもしれません）

長々と分かりづらい文章を書いてしまいすみません。あくまで自分の意見ですので、参考までに。執筆頑張ってください。