こんばんは
前作よりもこちらの方が分かりやすくて好みでした。

前作と同じく右カーブを描いて内容が大掛かりなものになっていく点は、良かったです。しかし、小説と漫画アニメ映画ゲームの違いがごちゃ混ぜになっており。
面白いかどうか尋ねられると、これはプロットの形式なのでかろうじて読める。
すくなくとも今は（修正次第で今後いい意味でどうなるか分からない）
……といった感じでした。

質問に答えたいと思います。
テロ組織『冥府の囚人』によるゼウス抹殺計画『無常の果実』
→やり方はたくさんありますが難しいところです、文章を扱う小説に対する考え方にズレがあります。

二つ目は、(転)の展開について。一応上記のように纏めましたが、他に盛り上がる案があれば参考までに教えて頂きたいです。
→（転）世界を巻き込んだ闘争へ。と風呂敷を広げようとせずに、主人公が暮らしている統治区で話をまとめるようするのはどうでしょうか、という提案です。強制ではありません。
自分の小説なのだから好きに書けばいいのではというスタンスです。

あらためて全体について書いていきます。

（起）舞台は荒廃した未来世界
何も目的を持たなかったフォルテが、月詠瑠那と出会い、彼女と共に世界を変える為に動き出す。という内容について書かれており良かったです。

これが、（承）舞台は統治区へ　になると、フォルテが何を考えているのか分からなくなります。
例えば、統治区への侵入を試みるフォルテ達はクレアの家を拠点に活動を開始する、月詠瑠那の危機を救ったのは玖堂恭真、彼は『冥府の囚人』リーダーでフォルテは彼と彼のメンバーの思想に賛同する、など。
フォルテに何が起きて、
彼が物語のなかで何について葛藤し、何がきっかけでどのように成長し、
どう変わっていくかまで書かなければ物語は始まりません。
ここで書いたのはあくまでもヒントです、何度も言いますが強制ではありません。
承でフォルテがどうなったのかを分かりやすくするためのヒントにしてください。

（転）世界を巻き込んだ闘争へ。
考えとしてはぶ厚いラノベを読んでいるみたいで面白いですが、ここは複雑です。

例えば、（承）では『冥府の囚人』サブリーダー・ラウラ＝レーヴィット。とあれば、冥府の囚人とは何か、ラウラとはどんな人物かの２点が大体分かれば話は繋がります。

（転）で、『冥府の囚人』抹殺派のラウラが、十二機皇(オリュンポス)の人類へ反逆した、ポセイドン、ヘラ、アレス、アルテミスを倒そうした、とあれば。
抹殺派とは何か
十二機皇(オリュンポス)とは何か
人類へ反逆したに対する５W1H
ポセイドン、ヘラ、アレス、アルテミスはなぜ彼ら４個体だけだったのか、また各個体で役割にどのような違いがあるか。
といった感じで一気に情報が増えるのが混乱の原因になります。
物語はここから三竦みの状況になって、
さらに瑠那と同じ旧世界の人間であり、十二機皇開発の際にスポンサーだったコーディリア＝ヴィクトリアスまで話に加わる。
このようなストーリー展開のさせ方は漫画アニメだから可能であって、小説のボトルネックについて考える必要があります。

（結）挑め、神に。そして…。
ラストですが。
そして、人類の本当の強さに気づいたゼウスは、彼等と共存する未来を選んだ。
ラストに相応しい盛り上がりを感じさせる主張があるのはとても良いのですが。ラストは積み重ねが大切で、ここは書いていて私も辛いところですが……。
１回だけ主張を持ってきてもないのと同じで伝わりません。

ーーーーーー
それ以外にもアドバイスがあれば教えて頂きたいです。

話の規模を小さくしましょう。
世界を変えようとするスケールの大きな話ではなく。
フォルテの住んでいる統治区の問題を解決すれば、結果的に世界が変わったなどとします。

もっと舞台をストーリーに反映させて読者に統治区があるなと思わせてから、どんどん『舞台を破壊』していきましょう。どの物語もしょっちゅう都市や国が崩壊していますよね。
今は舞台についてどこに何が（機械や街）があって、偉い権力者や法律や宗教があったり、例えば水は有料だとか舞台についてのリアリティが、どのようにストーリーに絡んでくるのかがほとんど書かれていません。

ゼウスの子分の子分が統治区にあるくらいで、話を大きくしない。
十二機皇は最初にポセイドンがやってきて、後からヘラ、アレス、アルテミスが統治区にいて、残りの個体の名前は出さないように、読者に余計な情報を与えないようにする。ポセイドン、ヘラ、アレス、アルテミスのどれかと主人公達は友達になったり。
４個体のなかの１つがコーディリア＝ヴィクトリアスと繋がりがあって、コーディリア＝ヴィクトリアスが４個体を吸収したくらいで主人公と最終決戦をしたり。
今ある面白さを凝縮してみてください。

「俺達の戦いはこれからだEND」、通称おれたたエンドでも大丈夫です。
物語の続編は後からいくらでも作れます。
話をまとめることができているか、それが分かりやすく面白いかなどの方が重要になってきます。
何かの参考になれば幸いです。