まず、遊戯王VRAINSにおける「ハノイの塔」について。
　もしかしたら確認したかもしれませんが、簡単に言えばEMP(電磁パルス)兵器です。
　VRAINSではVR空間での活動が主流になるのですが、「ハノイの塔」は起動してからVR空間内の道路や建造物、アバターなどのデータを吸収。(作中では名前の通り、円盤状のものが積み上がっていくシステムになっており、円盤1枚の形成に1時間ほど掛かります)
　「ハノイの塔」が完成すると、蓄えられたデータが外のネットワークに放出され、コンピュータ機器は耐え切れず、ネットワークは破壊されます。しかもそれは連鎖的に広がり、最終的にはスタンドアローン状態(非ネットワーク)の機器にも影響を及ぼし、すべてのコンピューターを無きものとする。結果、人類はネットのなかった時代に逆戻りします。
　このシステムを構築した「ハノイの騎士」というハッカー集団の目的は、意思を持ち、人類に反旗を翻す恐れのある「イグニス」と呼ばれるAIの抹殺。これまでも追い込んだ事は多々ありますが全て失敗している為、ネットワークごと抹消しようという考えです。

　で、改めて質問の内容ですが、この「ハノイの塔」以外でAIを確実に抹殺出来る案はありますか？というものです。
　s.s様が言ったように攻撃すれば無論防衛システムが作動するでしょうが、「ハノイの塔」は完成すれば人間社会も崩壊する代わりに、確実にAIを抹殺出来ます。
　この場合、s.s様の言うデメリットは「人間社会の崩壊」ですね。

　これについては、私の方でも改めて考えてみます。

　次に頂いたアドバイスについて。
　キャラについては、主人公を「僕」の少し弱気キャラにする案もあるので、そこから他のキャラも変えていく場合も検討してみます。
　AI抹殺計画については、案がありましたらいつでもお声掛けください。
　本当にありがとうございます。