僭越ながら提案します。
私の理解力不足故、自己補完で語る部分が多々あると思うので、読み飛ばして頂ければ幸いです。
まず一つ目の相談内容ですが、人工知能を倒す作戦を実行した際に生じるデメリット、と言うことでいいでしょうか？当方、遊戯王には疎く、一応検索してみたのですがよくわからなかったので、前置きの通り、自己解釈で提案します。
真っ先に思い浮かんだのが、人工知能は無論防衛システムがあり、テロ組織が攻め立てる際、ゼウスは常務である様々な管理を放棄し、自己防衛に全力を注ぐなどはいかがでしょうか？
デメリットは人工知能が管理する諸々が使えなくなり、それにより、都市機能はマヒ、大混乱が起こると言うものです。
それにより、クラッカーなどが、市民のパソコンなどにクラッキングしデータを盗んだりしたり、防犯システムも機能しなくなり都市は犯罪者で荒れ放題で被害甚大的な。
人工知能の倒し方については、人工知能がクラウド化してない限りは、本体を爆発ないし廃棄すればいいかと。私が思いつく範囲はこのくらいです。
次に、転の展開ですが、概ね良いと思います、ただ、あらすじ上だと旧人類である人工知能のスポンサーがいきなり登場しているので、伏線を張っとくと良いと思います。（恐らくは張っていると思いますが）
アドバイスというか、私見を述べさせてもらいますと、やはり、中二感が否めません、しかし、前回のあらすじに比べれば、リアル寄りになった感じもします。これはこれで良いかもしれません。
キャラもなかなかに立っていて面白いです。しかし、私的に物足りなさを感じてしまいました。恐らくは話が王道すぎるのが原因かも知れません、設定もよくありそうな感じ（また、仮面ライダーですが、ゼロワンが大体こんな感じの設定）です。私はキワモノが好みなので、こう言った王道テンプレートはあまり好きではありません。まぁ、ここは個人の問題ですが……
総評としては、矛盾などもなく良いと思います。しかし、全体的に普遍ぽさを感じるので、前回も言いましたが伏線や戦闘シーンの迫力、演出や地の文の秀逸さ、その他にも魅力的なキャラクターやカタルシスを感じさせる展開など、細部に神を宿らせれば、面白い作品になると思いますので、頑張ってください。
何かのお役に立てれば幸いです。