こんにちは
叛逆の騎士の剣を薙ぐ、学園のマドンナ。
一騎当千の女武者の薙刀を振るう、幼馴染み。
智謀の英雄の弓を射る、貴族令嬢。
航海の守護者たる双子の拳を叩き込む、暗殺者。

本来であればあらすじにこのような書き方は注意した方がいいのかもしれませんが、私はこういう勢ぞろいでごちゃ混ぜみたいなのがわりと好きなので、読んでみたくなりました。
結で神界突入するのもそこまで話を広げるのはまずいのでは……と、注意した方がいいのかもしれませんが、こういった小中大と物語の風呂敷が大きくなっていくものは好きですね。私だけかもしれませんが神界突入ってすごい気になりませんか。

（転）で、だが、同時に黒幕達も次の一手に打って出る。
あらすじで黒幕がどう動くか書いてあるのは正解に近くて、とても良い書き方だと思います。これはあらすじなので、（ネタバレ）だが、同時に黒幕達も次の一手に打って出る。とあると読者ウケが良くなるかもしれません。
高峰将臣さんが日本国首相とするのはさすがにボロがでまくるので、それっぽい別のものを用意された方がいいかと思います……。

相談一つ目、単純に面白いかどうか。
→キャラクターと設定を読むかぎり面白そうだなと感じました。

相談二つ目は、神英霊装について。
→英雄の武器と聞いただけで、Fateを連想してしまう読者は一定数いて後発組の辛いところですが英雄の武器はどこにでもあります。ソシャゲやゲーム漫画アニメ、Fate以外の小説でも、英雄の武器は頻繁に登場します。
だからこれがFateに近くなってしまうかは、実際に読んだ読者がどう感じたか、直接聞いてみないと分かりません……。
よく武器に宿る精霊が登場したりしますが、それだってアドバイザーのようなものです。有名作品についてどこまで気にするか、指摘されたら直すくらいの心構えで、そこまで神経質にならなくてもいいような気もします。

ストーリーの順序、展開等、何かアドバイスがありましたら活かさせて頂きたいと思います。
→キャラクターと設定は面白いのですが、物語にあうよう最適化されていたものを引っこ抜いて、形の違うパーツをあちこちから拾ってきたといったという印象で、ストーリーにまとめるのができなくもない……。
練習してまとめることができるようになる人の方が多いのですが。
この場合、その先に続く面白さが考えられていなくて苦しくなります。
まとめるのがもっと上手くなればお手本のような技術までいける人は、ほとんどいませんがいるところにはいるので、技術を高める書き方が間違っているわけではないのですが。逆にそこまでになると、作品自体が面白いかつまらないかがすごくはっきりしてきます。

このあらすじの起承転結は全体をまとめる方向で書かれていて、この判断が間違っているわけではありません。
まとまっている作品は文章がすらすら読めますし、内容も理解できて、面白さも伝わってくるものですが、肝心なのがそれ以上が入っていないことが多いです。
それ以上というのは、作者の人柄が伝わってくるような作品に対する熱量のことです。
世の中にはいるじゃないですが、妹が好きすぎてどうしようもないとか、ミリオタだとか、ファンタジー中毒なんだけどとか。

例えばこの物語は高峰将臣がどうしようもない悪人で、それが書きたかったとします。
中途半端に６０点の悪人として全体をまとめたとしても、読者には響かないので、それは書かれていないのと同じことになってしまいます。
自分はこれが書きたい。というのを絞って、小さくまとまった起承転結ではなく。
ネタを絞ってそのネタを使い倒すように物語をまとめてみると、作品のウリがでてきて記憶に残るお話になっていくと思います。
これらはあくまでも提案です。強制ではありません。
自分の好きなように書けば「次も」新作を書けるのですが、他人に言われてなんか違うなと思って書いていると「次がない」ものなので、違和感があったらここに書いてあることは忘れてください。
自分の好きなように気持ちよく書いた方が絶対いいですしね(^O^)

何かの参考になれば幸いです。