①月桂樹の悪魔の復活・・・の阻止。ですね。
この場合「月桂樹の悪魔」に覚醒したシュンを如何（いか）に暴走させないかとかになるのでは？
そうなるとシュンが主人公ポジ（もしくはラスボス）、正ヒロインはアヤカあたりにした方がいい気がしてきます。

それか『月桂樹の悪魔』の素質を持つ人間を複数人にするとかで
・『月桂樹の素質』を持つ人間を探し、場合によっては殺害
というクエストも組めます。
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3部作くらいにすると仮定しても、ざっくりエンディングまでのシナリオ・ラインを組んだ上で、ストーリ上必要な要素を含んだ③クエストと、
④あったらいいな程度のネタクエスト。
を選別したがいいかと。

・学校の闇(いじめ)の部分とかは④くらいの重要度だと思う。
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ちなみに、私もネタで考えたー(;´∀｀)

②災害の真相をみつける
A、災害は「闇市」「政府」「テロ」の三勢力が合同で起こした人災だった。
目的は『月桂樹の悪魔』という能力者をどうにか生み出すため。

能力者の中に【予言者】が時系列⓪に覚醒していて、その【予言者】は不吉な予言をする。
1、世界が「太陽神（アポロ）の祝福」によって滅亡する
2、だが「月桂樹の悪魔」という能力者によって滅亡は回避される
3、「月桂樹の悪魔」の素質を持つ人間はいるが、まだ一人も覚醒しておらず、このままでは覚醒する前に世界は滅びる。

三勢力は世界を救う救世主『月桂樹の悪魔』を覚醒させるために災害を起こしたのだった。

そして『月桂樹の悪魔』の能力者は―————

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こういうキミセカイ系なら三角関係ものーーー和樹とタクヤ二人に惚れられているヒロインが『月桂樹の悪魔』で、軍部側から「和樹」が。能力者（テロか闇市）側から「タクヤ」が情報を集め、二人がそれに到達する。
【ダブル主人公】モノって展開もありですけどねー。

それなら①世界を救い、ヒロインを救え！！ってできるんですが。