調子こいて追記してみる（調子に乗りやすいタイプです。不快だったら【ポチ、ステイ！！】と突っ込みを。(´・ω・｀)キューン
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どこに挿入するか分からないエピソード
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①逃亡に成功した二人だが、彼らは二人だけの力で脱走成功させたわけでない。なぜか冷血な研究所長ハクギンが助けくれた、とかだと思う。

（ハクギンは主人公が「過去の人間」と知っているため、事実を知った主人公過去に返し歴史を修正するか、どん詰まりの未来を主人公に切り開かせたい・・・とかだと思う。たぶんね）
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A国側で【誰が内通者なのか】ストーリー（幕間の章）を組んでもいい。B国の味方をしそうな人物が真犯人ではなく、ハクギンだったことで第三の勢力によって主人公が釣りだされたことが【布石】になる

②ウサギとアリスの因果関係

アリスとウサギって未来人設定ですか？主人公と同じタイム・トラベラーとかではないですか？

ありそうな因果だと・・・・・・アリスとウサギの保菌していたウイルスから今の未来が発生しているオチは？

過去からタイム・スリップしたアリスかウサギが未来で保菌して元の時間軸に戻れば、今の未来を引き寄せられるよ。

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③ここが異世界ではなく、未来の世界せってい入れたい？

逃亡中にハクギン関係の遺跡とか見つけて、未来言語は意味不明だったのに急に読めるデータ類に主人公が遭遇してやれば
【魔法という病気ネタ】【ここが異世界でなく未来の地球ネタダタノカ・ネタ】を詰め込ますぜ。

その事実で第三勢力のネタバレになるから、A国側の【内通者発見ゲーム（人狼ゲーム）と足並み合わせると読者の度肝むけますよ。

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④ウサギのポジション

諸悪の根源ポジにできますね。彼（かってにイケメン認識）。ウサギ氏はこの崩壊世界こそを望んだ人物で、どうにかしてこの未来を・・・この未来でしか会えない「誰か」のために、アリスをこの世界に放り出し保菌者にする。

設定的には主人公とアリスがA国から逃亡後にウサギがアリスに接触、回収。アリスを元の時間に戻すことで魔法病を過去に蔓延（まんえん）させる。とかかな？

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オチは投げます（笑）

主人公が未来を守るにはアリスを殺した方がいい、ネタとか。
主人公をルーツにした人物こそがラスボス「ウサギ」で、主人公の自殺でウサギの生まれる未来を削り落としてもいい。
三人か二人で崩落世界をさまよって心中もいい。

これでどう？どう？