私は三幕構成に従って話を作ることしか出来ないので、
三幕構成に当てはめられないストーリーの評価は難しいです。
たぶん、創作において、三幕構成が絶対という訳じゃないと思いますので、
三幕構成に当てはめられないから全部だめだ！　という訳ではないと思うんです。
ですが、じゃあ、三幕構成じゃない創作の正解とは？　と聞かれたら答えられません。
その上で、拝見させていただいたプロットに意見したいと思います。

＞誰も見ていないとき、電子機器にウイルスを感染させる不審者。
ここは、そのものずばり、亀裂を発生させてはダメですか？
犯人が亀裂を発生させ、そこからサイバーライフがあふれて攻撃してきた、
主人公はレガシーを操縦し、サイバーライフを撃退するが、亀裂から新たな敵が……
というピンチを救ってくれたのがチームだった。
こういう流れであれば、チームの登場も自然ですし、亀裂の説明をしなければならない流れになっている
ので、話が速いかとおもいます。

＞ある日の事件、主人公は慣れた手つきで『ブルーオーシャン』にアクセス。
何のために危険なサイバーライフがいるブルーオーシャンにアクセスするのでしょうか？
ブルーオーシャンにアクセスすることが、「過去の悲惨な事故が2045年に繰り返されるのを阻止すること」と
直接どう関係してくるのでしょうか？
ここの説明がなされないと、ストーリーとして意味不明すぎて、読者が離れてしまいます。

＞大会
突然現れた大会とは何のことでしょうか。
「過去の悲惨な事故が2045年に繰り返されるのを阻止すること」と直接どう関係してくるのでしょうか？

＞主人公を狙う理由は(編集中)
主人公を狙う理由は、父風越カナメが自分を救ってくれなかった、むしろ加害者の中でもリーダー格だと犯人が思っていれば、そんなカナメを苦しめるために、息子を利用しようとしている、というのがスマートかなと思いました。
この案を採用するなら、テーマは「父と息子の家族愛」とかになりそうです。
クライマックスでも、父が人質になり、それを助けるなどの要素を入れられればより家族愛を強く表現できますし、
レガシーは父が息子を守るために開発した、などという設定にもできそうです。
そうすると、物語序盤では父をあまり快く思っていない主人公が、父を受け入れ助けるという成長も描けます。

＞敵の『ヒトだったころの精神データ』を発見、システムから分離させる。
この発見は、クライマックスで偶然見つけるとご都合主義にとられてしまうので、伏線が必要ですね。
ヒトだったころの精神データが、何か意外なものの姿をしていて、もしくは犯人によって隠されていて、
主人公は物語前半～中盤でそれを目にしていたけれど、気づかず、クライマックスで気づいて、
推理を披露できればそれっぽいシーンになりそう。

前回のコメントで、
＞主人公は、過去の悲惨な事故が2045年に繰り返されるのを阻止するために、何をするのでしょうか？
＞まずは、ここを考えていく必要があるように思います。
と言いましたが、また同じことを繰り返し言いたいと思います。

『ブルーオーシャン』にアクセスや、大会のエピソードが、
直接「過去の悲惨な事故が2045年に繰り返されるのを阻止する」こととどう関係しているのかが分かりません。
この部分が雰囲気でなんとなく作られているので、うまくまとめることが出来ずに、
＞後日、主人公コンビは極秘資料をなんとか入手し、過去に隠蔽された事件の真相に近づいていく。
という風にまとめられてしまっています。
ここを具体的に考えて行かないといけません。

とっかかりになりそうなのは、「チーム」がどのような対策を立てているのか、
施策を実施しているのか、それと主人公はチームに入ったことで、チームのどんな仕事を任されるのか、
この辺をつめていけば、第二幕にあたる部分を詰めていけるのではないかと思いました。

例えば、「チーム」が、『凍結されたシステム』を見張っていて、それを犯人が起動させるためには
あるアイテムが必要で、そのアイテムが、なぜか大会の優勝賞品になっている、などとすれば、
主人公が大会に出る必然性がうまれます。
大会が何かまったく分かっていない私が言うことですので、あまりあてにはなりませんが。

以上です。
何か少しでも参考になれば嬉しいです。