え～、当方虫に詳しくゴキ好きで蛍も割とよく見れるせいか、区別が容易いです。

・改造手術で死んでしまう人がいる前提っす
その点全く頭になかったです。なぜなら改造手術の失敗って寡聞にして聞かないもので。当方が知る限りでは特撮以外を含めても十指で事足ります（死亡例となると公認二次創作？で一例だけ）。ショッカーのやり口から考えると、不適合者は選別の時点で死んでしまうからでしょうね。

当方やはり大幹部は怪人であるべきと考えます。組織の最高戦力として切り札たるべきですし、場合によっては部下を力ずくでねじ伏せる必要もあるかもしれない、なにより自分が怪人でないと部下に手術をうけろと言っても示しがつかないからです。強さやデザインはのちの強化改造で改善すれば問題ありません。悪の組織なんで、技術の上達や安全性の担保なんて何も知らない一般人を人柱にするか、シエルのように自己改造するもの好きに任せればいいんです。
されども、技術職トップなことはわかるが作戦指揮にあまりかかわりがない『博士』に類する肩書が最高幹部にいる理由について、目新しいものをお聞きできました。
またシエルの脱走騒ぎの裏に博士との根深い確執があった（合成怪人改造の技術は博士が独占しており、そのあたりでもめていた、くらいは考えてましたけど）というのは、プロット1終盤で怪人が襲ってきたのは大佐ではなく博士の差し金だったとか、組織を利用してやりたいことは大して変わらないのに最終盤での身の振り方が違う理由になりそうなど、色々使い道は多そうです。

燈は確かに実験体ですが、それは『脳改造の』であり、体の方は（けがのせいで改造箇所は多いですが）手慣れた技術の塊のつもりです（身体の方も新技術の実験台にするか考えます）。また細かいことですが、遺伝子組み換えに使う蛍光蛋白質はクラゲ由来（そもそも蛍の発光は蛍光蛋白質ではない）です。

プロット1から2での舞台変更に証人保護プログラム（偽）を使うのはいいアイデアだと思います。悪の組織っぽいですし、大佐が変装名人だということをこの時点で示せる、また進学で舞台が変わるというのは相談にかけた際あまりいい印象を持たれなかったようなので。（ただ、大規模な舞台変更自体あまりお勧めできないともいわれました）

ご意見を伺っているとシエルがどじっこポンコツキャラのようですけど、どのあたりでそう思われましたか？当方自身はシエルを大幹部らしく高い技術を誇り倫理なぞどこ吹く風の怜悧な非常識担当キャラ（燈と奏が暴走したため相対的に常識人となりましたけど）とするつもりですなんですが・・・