ご返答ありがとうございます。
・前半や改造前プロローグ部分に「改造されたい願望」があることを触れてほしいです。（改造発覚後でもいいですが）
確かにその点必要ですね。過激な考えを口にしてる部分にでも一緒に入れて、「こいつはこういうことを考える奴なんだ」と読者に分かるようにします。

ゴキブリと間違われるネタは面白いと思うのですが、デフォルメはともかくリアルだとゴキブリと蛍はあんまり似てない（色が付くととくに）、ゴキブリ怪人はすでに準備済みということもあり少しきついかなと（仲間内ではなく敵方や不幸な目撃者ならできるかも）。
後、橙（だいだい）ではなく燈（あかり）です。蛍なので。

・全員を怪人にしない方がいいとおもいます。
最大のモチーフがショッカーなので難しいかと。『ショッカーの大幹部はみな怪人だった』とライダー隊からも認識されているので上にいくほど難しいです（マヤやハインリッヒ博士など一部の幹部はそうじゃないかもしれないけど）。
そもそも組織は正義を掲げてません。少なくとも燈は自分を悪役側だと考え行動します。
おおむね、悪（組織）対悪（敵組織1）対正義（敵組織3、一部脱走者）、みたいな感じです。
また内ゲバは話のタネではありますが大きなテーマではないです。
ただ大規模な内紛の話もアイデアにあるので、その原因として組織内の差別は使えると思います。

・もうちょい主人公の在籍する悪の組織の分かりやすい相関図ほしい
1、首領
2、最高幹部：大佐、博士、設定だけはもう一人（、トリでの燈）
シエルは元々このあたり（2,2くらい）
3、支部長クラス（ここまではほぼ合成怪人）：おやっさん、（奏はこのあたりまで昇格するかも）
4、幹部格怪人（それぞれ名前付き）：燈、シエル、3以後の奏
5、一般怪人（番号管理）：１の燈、２～3の奏
6、正規戦闘員、研究員（改造なし）：奏初期（ただしバイト）
7、スリーパー（本人に自覚なし）：燈初期（怪人だけど）
こんなところでしょうか？会社の役職の序列はよく分からないですけど、例えるならスリーパーは備品扱いくらいです。
所属派閥は…念頭になかったです。あえて言うなら大佐指揮下かと。

燈の家族構成は考えてなかったです。さすがにそこまで自分をモデルにするのはまずいかと思ってるくらいで。
けれども本格的に活動を始める2以降燈は一人暮らしになる予定なので適当でもいいかなと。
あと事故の解決というのは世間的な意味で考えてました。普通は容疑者が逮捕ないし死亡でその件は終わったものとみなされると思うので（推理ものだとそうですよね）。