ご返答ありがとうございます。
提示された仮定については、脳改造で行動力をもらえればまず同じ行動をします。
なぜなら、燈は当方自身がモデルだからです。違いとしては燈のほうが人受けするよう思想がまだマイルドで学力の代わりに交友関係があるくらいでしょうか。（主人公に自己投影するのはやめた方がいいと掲示板の方で注意されたのですけど、他はともかくこのキャラは当方の主義主張、行動原理ありきで作ったのでとても直せませんでした）

シエルは例えるならドラえもんでしょうか。燈に技術指導を施しアイデアを形にする際の手助けをする、また自分の科学を優先し組織の意向も何のそので傍若無人に行動するので憧れでもあります。そんななので燈との親和性は高いです。
奏ははっきり言ってメイン三人のうちで一番固まってないです。当初は物語のヒロインたるシエルに対し、燈にとってのヒロインとして恋人に設定していたのですが、受けが悪いかと相談にかけたうえで幼なじみにしたりどんなキャラを参考にすればいいかよく分からなかったりと未だにふわふわしてます。

・橙君也に改造されたことに対する納得が欲しい
純粋に『あこがれの存在になれた』ではダメでしょうか？世界征服を掲げる組織にきちんとした戦力扱いで入団し、そもそもの能力不足のため改造手術を受けても本郷猛や神敬介のように身体能力で人との違いに悩む必要もない。さらに上からの承認が出れば夢想するばかりだった過激なアイデアも現実のものにできる。当方のように悪役の方に憧れるうえにねじが少しとんだ人間にはあまりデメリットがないのですから。（橙のねじが飛んでいることの説明はいれます）

ただ返答を読んでいて気付いたのですが、提示分どころかもう少し詳しいプロットでも橙もシエルも顔を合わせて以降交通事故について全然触れていませんでした。一応組織がスケープゴートを仕立てて事故自体は解決したものとする予定ですが、甘いでしょうか？
また【いまの嫌な改造より、シエルの提案した改造のほうが好き】【鬱陶しい科学者の上司？の後始末ではなく、自分の思うままに改造したい】利害が一致　の部分は参考にしたいです。

メタ発言や既存作品ネタは、当方そういった分かりやすいものがないと面白いと思えないため入れようと思っています。