>仮題を「ネモフィラの唄」としているのですが、これはネモフィラをキーアイテムとして使いたいと考えているからです。

ネモフィラの花言葉は「あなたを許す」(だったはず)ですし、それはかなり良いと思います。
質問者様のイメージとは随分違うかもしれませんが、Rの最期にEが泣きながらネモフィラを送る(どっから持ってきたんだ)的なシーンがあれば、悲恋ものとしても形づくれるだろうな、みたいに思いました。(僕の勝手なイメージですm(_ _)m)

>やりたいこととしてはEの兄は直接登場せず会話の中だけに姿をみせるようにしたいです。

自分も「そんな感じになるかなぁ」と思ってました。物語の主旨とは関係ないキャラですし。
となると、「Eの兄について話す」といったようなイベントは少なくともできるわけですね。

あと、出したいものが多すぎてもやりにくいので、合わせられるものは合わせちゃったほうがいいと思います。
例えば、「Aが嫉妬深い」というのと、「Aが裏切る伏線」は一緒にする。みたいな感じです。Aの嫉妬深さを書けば、読み手としては「あー、こいつなんかやるな」ってなるでしょうからね。

今の時点で出てるものは少なくとも必要になると思うので、これらを中心に「出会い～現在」の流れを考えていきましょう。
自分の中では「出会ったシーン(つまり第一印象)」だったり「デート中にお互いの事情を話すシーン」だったり、あとは「お互いを意識するようになるきっかけ」だとかが頭の中にあるのですが、どうでしょう？