コメントありがとうございます。
なんせ初めてですし、色々思うところがあったので分かりやすくアドバイスを頂けて嬉しいです。
そうですね、王道を貫くという意味では後者の方が最初のイメージに近い気がします。ただ、この話の場合は回想が主体になってくると感じているので、それだと前者かな？
後から追加になった設定なんですが、Eは兄を消した後もRに殺しの依頼を続けるのです。なので、Eの視点で

新しい依頼をする。
↓
なかなか報告がこない。
(ここで、出会いから今までの回想をいれる)
↓
会いに行くとRはケガをしていた。
↓
RはEを追い出す。(ここからRの視点。このシーンがプロットのケンカ別れですね)
↓
その晩、Aに裏切られる。

と、いう流れを考えているのですがどうでしょうか……。
なんか、答えになっていなかったらごめんなさい。