全体はまとまってるし、特に大きな矛盾点はないし、意味が分からないという部分もないと思う。
けど、言い換えると、まとまりすぎてる、矛盾がないので探偵ものなのに読者が考える余地がない、意味がわらかないような引っかかる場所がないので推理もミステリもなくシナリオ通りな印象。

この話をシンプルにすると、
小学校から女児のミイラが発見され、現場にいた同級生に聞き込み調査をする。主人公は真相を確かめるべく元担任に会いに行く。元担任は別れたあと 犯人がわかった と連絡をしてきて死亡する。消去法で犯人は元同級生の女学生だとわかったので確保しにいく。
こんな感じの流れを、キャラクターを立てながら推理仕立てで膨らませた小説という感じ。

まず、話題になる 女児のミイラ に対して「元同級生」と「元担任」の二つの視点が出てくるのだから、この二人の供述は矛盾していたほうが「どちらかが嘘をついてる」という事になるから、推理ないしミステリものとして楽しめる。
例えば元同級生は「とても仲の良かった親友でいつも一緒にいて……」と言うけど、元担任は「女の子同士というより男の子と遊ぶタイプの子だった」と答える。みたいな、二人が言う生前の女児ミイラの人物像に違和感がある形にしたほうがいいかな。

次に、ここまで言うのはちょっと踏み込みすぎかもしれんけど、犯人は頭イッちゃってる中学生とはいえただの中学生で、主人公は探偵とはいえ犯人のミスを全て拾える超天才ってわけでもないので、「元同級生と主人公が最初に会話して得るものは何もなかったシーン」で既にヒントないし明確な証拠が提示されても良いと思うかな。
例えば、「〇〇ちゃん５年もあんな暗いところで…」とか口にしてて、元担任が殺された後で探偵は思い出して「なんで暗い場所だと知ってたんだ？　「あんな」なんてまるで見てきたかのような…」みたいな。
ぶっちゃけ犯人を特定してるのは探偵ではなく元担任なので、それでは探偵っぽさが薄まってしまうので、ちゃんとヒントを出して推理させてやるべきかなと。

あとは、元同級生は元担任を口封じに殺害に行くかな？と思ったのだけど、まあそこで口封じに行っちゃう子だから犯人なわけで、そこは納得できるけど、そうすっと女子中学生の体力で30代男性教師を殺せるもんかな、ってとこが疑問かな。
犯人がわかった元担任が「警察に言っても信じてもらえない」って言うのもちょっと説得力に薄いから、「警察にははっきりわかってから言う」として、その前に元担任として犯人である元同級生を呼び出して自首を促そうとした、そこで殺された、という流れにしたほうがいい気がする。
元担任としての責任や義務感と、殺人犯とはいえ女子中学生相手だからビビったりしないだろうし。