ストーリーのテーマは、恋愛でしょうか。
義妹と事件を通して仲良くなっているので、話の流れは良かったと思います。

気になったのは、主人公の置かれる立場が悪すぎるってことでしょうか。
１．自分の父親が義理の娘を襲う（今後の生活大丈夫？）
２、恋人が殺される
３、親友が犯人
４、恋人が殺されたばかりなのに、義妹が気になる（共感しにくい恐れが）

ヒロインの設定は面白いと思うんです！
だから、話が重くなる要素を減らしてしたほうがいいかな？と思いました。

父親に襲われるのを止める代わりに、
交通事故に遭いそうになったヒロインを主人公が助けたところ、
主人公の危機に気付くとか。

殺される人を、主人公の恋人ではなく、親友の恋人にするとか。
殺人の理由は痴情のもつれ等に変更して、
彼から主人公が罪を擦りつけられそうになる、などはいかがでしょうか？