絶望的な終わり方でなおかつ、物語としてしっかりとピリオドが打たれているエンドを、私は二つ思いついたので、僭越ながら提案させていただきます。
まず、一つ目ですが、主人公たちは強大すぎるAIの力に絶望して死を選ぶエンドです。つまり、自決し自殺するのです。まぁ、なんとなくで戦い続けるよりかは、マシかと……
二つ目は、主人公たちはAIに勝てないことを悟り、元の組織に出戻りすることです。主人公たちは、AIに操られていること承知の上、悶々と人生を全うする。とまぁ、そんな感じです。
物語の原動力について。主人公たちが結構流されて、自分たちで決断せずに戦っているのが、物語の原動力が不足している原因だと思われます。
例えば、主人公は何かがしたくてしたくてたまらなく、したいことを邪魔するAIを排除するみたいな、そんな感じの信念的なものがあるとキャラも立ちますし、お話も厚みが増すと思います。
現状では、よくわからんけど、偉い人が敵を倒せって言ってるから戦ってる。でも、その偉い人は実は悪い人だった、悪いことはいけないよね、そや、謀反だ。でも、AI強すぎて勝てない。終わり。
みたいなザッとこんな感じにプロットだけを読むと感じ取れてしまいます。まぁ、本編ではもっと、色々考えがあるとは思いますが、あらすじは本筋だと私は思っているので、主人公たち一人一人に夢やら目標やらを設定し、AIは悪いから倒す、ではなく、AIは俺たちの目標を阻害するから倒す、みたいな、主人公たちはもっと利己的に動くようになれば。世界観とも合うと思います。
この作品はよくある正義論の名の下に、巨悪に立ち向かう的なそんな感じがするので、ここは好みですが、もっと、ダークヒーローぽくしたり、正義とは何か？　みたいなことを主人公たちに考えさせたりすれば、私自身はこの作品を好きになります。
深夜テンションで失礼しました。