極端な例の話をしますが、『ヒロインが冒頭で死んで、回想を短編連作形式で書きながら主人公が立ち直るまでを描く』みたいな作品もあります。
　
　読者にとって重要なのは、『ヒロインがどういう状態であるか』『ヒロインが作中の時系列的に現在、登場していないか』ではなく、あくまで『文章全体での登場率・その中での描かれ方』です。
　要は、設定上どうであれ『回想シーンだ！』とか、『強い思いが一時的なテレパスを～』とか言って、登場させちまえば良いのです。
　『そういう解決法は好みじゃない』と仰るなら、『序盤～中盤にかけて主人公とヒロインの中を深める』『中盤でヒロイン離脱』『中盤～終盤では、他キャラと主人公の絡みをメインにしたうえでヒロインの話題を出す』みたいな方法もアリだと思います。