＞この場合、ヒロインがあまり酷くない設定で離脱できるような設定を突き進むか、いっそ開き直って主人公の為にヒロインにちょっと犠牲になってもらうか、どちらを取ればいいのでしょうか？

それは作者様がお好きなように決めればよいことかと。
ただ、気になったことを一つ言わせていただくと、別にそういう２拓になる話でもないような気がします。

＞ですがヒロインがピンチになるだけで読者は離れてしまうので

確かにラノベの読者には、ヒロインへの期待感の比重はバカにならないようですね。個人的にはヒロインがピンチに陥るだけなら効果的なスパイスにもなるんじゃないかとも思いますが、それによってストーリーから長期離脱させるのは得策ではないかもしれません。
しかし、そうお考えなら、読者の受けが悪いと判断したことはやらなければいいだけでは？
そもそも主人公を苦境に立たせたり上げたりする要因はヒロインのピンチだけではないはずなので、別の障害を考えればよいだけで普通に両立すると思いますが？