ペレットを食べてくれない場合は、食べやすいように砕いて与えるのが良いです。食べない理由は食べにくいから、という場合もあります。
ペレットは種類によっては、ジャンガリアンには大きすぎる場合があります。

私のハムスターも餌を変えたら食べてくれなくなったのですが、食べやすいように砕いてあげたら、食べてくれました。

また、本当にお腹が空いたら食べてくれるはずなので、それまで我慢して待ってみるのも１つの手です。

ハムスターがトイレで寝るのはふつうのことなので、心配することはありません。
彼らは狭い場所や自分の匂いがするところが大好きなのです。