すみません、本題への返答を忘れていました。

　人によると思いますが、個人的には『むしろやりやすいんじゃね？』と思っています。
　『悪役』主人公ということは、『悪役』というところにキャラの柱が一本しっかりと立っているわけです。
　強面ヤクザにしろ、マフィアのボスにしろ、傾城の悪妃にしろ。『どんな悪か』『どうして悪になるに至ったか』『主人公に悪としてのプライド・カリスマはあるのか』など、『悪』であるという要素を掘り下げることが容易であり、またニーズにもなります。

　質問者様がお悩みであることを簡単にまとめると、『主人公が義賊・ダークヒーローになりやすい』・『結果として、主人公よりさらにあくどいキャラが出てきやすい』という風に見えます。
　その点について言うと、『社会的な悪とキャラ的な悪は違う』ということを意識すればいいのだと考えます。『ヤクザ』や『悪魔』だけど女子供には紳士的である、みたいなキャラクターもありますけど、『正義のヒーロー』だけど『戦い方がとても汚い』みたいな人たちもいることにはいます。

　大体の人間は多面的なものであるので、『どういった部分が悪か』『どういった部分が悪でないのか』を突き詰めて考える必要があります。『悪』と言うのにも、『怖がられやすい職業・存在である』とか、『シンプルに性格が悪い』とか、『文化的・習俗的理由から悪とされる』とか、いろいろあります。
　かつて始皇帝は『信賞必罰』を是とした刑罰のシステムを組み込みましたが、家柄を重視するところの大きかった当時の中国では『厳しすぎる』と批判され、後の世まで『悪帝』という扱いを受けました。
　質問者様の好きな『悪女』で言うなら、中国の『西太后』なんかもそうです。政敵や側室などへの苛烈な態度ばかり注目されがちですが、当時の清の情勢を鑑みれば『国難に際して国内をまとめ上げた』という見方をする人もいます。

主人公の『どこが』『どういった視点から見て』悪役であるかを考え、丁寧にまとめれば、良い作品になると思いますよ。