一番いいのは、今までに提示してきた問題・目的を解決することだと思います。

簡単な話、学園が舞台であれば卒業や卒業後のエピローグを描けば終われます。この場合、卒業というのは主人公たちにはどうしようもないタイムリミットであるため、読者も一応納得できます。

しかし、解決した方がいい問題や謎を残したままだと読者としては消化不良になります。「ほったらかしにするならなんで出したの？」という話になります。

例えば、仲が悪い相手がいる場合。仲直りしろとは言いませんが、読者としては会話の一つでもほしいです。その相手と会話した後に「やっぱりコイツとは相容れない。この関係はこれからも続くだろう」と書いてあれば読者はコレも一つの形だとして納得します。

例えば、主要キャラが好きな相手、主要キャラのことを好きな相手がいる場合。告白か告白未遂を入れた方がまとまります。「よし、今日こそ告白しよう！→やっぱ無理だった！→今度こそ告白してやる！」となれば、アクションを起こしたため、主要キャラの中でも読者の中でも一区切りつきます。

同様に、倒さなきゃいけない相手がいる場合。別に倒さなくても「コレでやつへの手掛かりが一つ見つかった。俺はこれからも追い続ける！」とか「クックックッ。その程度か。もう少し楽しめるようになったら相手してやる」「待て！」みたいな感じで、偶然会った相手と一戦交えてもいいと思います。完全に打ち切りの空気ですね。でも全くないよりはいいはずです。

立つ鳥跡を濁さずと言いますが、完結させるのであれば跡が残らないように、それまで問題になっていたことを消化してみてはどうでしょう。そうすれば作者も読者も完結を受け入れやすいと思います。