うーん何とも悩ましい悩みに嵌まっている様子ですね。
私からの横槍としては「学園ものって実はけっこう難しいから、今考えてるファンタジーのお仕事物を先に片づけてからやったほうがいいかも？」です。

勝手な推測だけど、マリンさんはまだ学園ものを俯瞰できる心境に至っていないのでは、という気がします。その状態でスクールカーストやいじめを扱うのはいろいろ辛いと思う（←過去のトラウマを毒吐きポエムの形にして、消化するまでにけっこう年月のかかった奴の言うこととして聞いてください）。

私としては、前のスレで他の方から出ていた「スカーのキャラ設定の微調整がうまくいっていない可能性がある」という意見を推したいかも。つまり、一作仕上げた後のほうが三人目のキャラの微調整の目途がつくかもしれない、ということです。

ちなみに、前回いじめ関係と絡んで遊戯王を引き合いに出したけれど、何故遊戯王ならOKか、という話なんですけどね。あれは城之内が「暴力タイプは親も暴力タイプの可能性が高い」の典型で、酒乱のダメ親父が母親と離婚して妹とも離れ離れ、でその状態がよくないことを彼自身がそれなりに自覚しているから（実はリアルのいじめ問題でも、いじめられっ子の心配だけじゃなくいじめっ子の親→いじめっ子への虐待、も心配して見守らなくちゃいけないから……周囲は児相案件になるかもとハラハラしながら見守っております）。

要するに、本来は大人が仲介して悪いことに気づかせて和解させるのを省略して、自分達で欠点を認めたり誤ったり許したり、の境地にまで持っていけるやや大人よりのメンタルのキャラクターとして設定されているんだ、遊戯も城之内も本田も。これは本田の「俺達みたいのとつるんでても、お前は荒むなよ」の一言に集約されているけれど。リアル中学生には吐けないセリフですので。

あと、「スカーは弱いままでいてほしい」というのが少し気になっていたんだけど、遊戯王シリーズって実は城之内枠（最初底辺で這い上がってくるタイプ）は優遇されている。少なくともGXや５D’ｓあたりまでは。ゼアルは初の主人公が初心者タイプだったからその必要はなかったんだけど。

これは原作者のポリシーで、曰く「このタイプのほうがメンタル強いから」と。城之内や遊戯より、海馬や闇遊戯のほうがプライドへし折られた時のメンタル弱いというのは有名な話……

で、エリカはまだよくわからないんだけれど、ベアトリクスってどっちかっていうと海馬社長タイプでないの？ だからいじめっ子というよりライバルポジションでは。で、スカーは城之内ポジションとみなすとバランスのとり方の参考になるかもしれない。他の方から出ている「三人目は子分タイプがいいのでは」の意見も、調節次第ではそうとれなくもないと思う（他シリーズの城之内枠であるところのGXの丸藤翔とか、５D'sの龍亜とかはもっとそんな感じです）。

王道少年漫画は、実はけっこう大人の価値観でキャラ配置しないと難しいこともあります。焦らず落ち着いて好きな作品の構造分解してみるといいんじゃないかと思いますよ。