はじめまして。
サタンさんとのやりとりの中で提示された概要を拝見しました。
新人賞に応募する作品の尺におさまる内容かどうかは取りあえず置くとして、ストーリーの骨格を作るために必要な要素は揃っているなと思いました。
要約すると、主人公とヒロインが、何人かの協力者と共に学園の野望を阻止する話なんですね。まずはそれで十分かと。
学園の野望なるものの内容については、

＞とある宗教を振興する人物が開校した学園

＞裏では成績の低いもの(他の作品で言うところの低ランカー)は宗教団体が秘密裏に行っている魔物化の実験台にされます。

とのことですから、たぶん何か考えていらっしゃることはありそうですね。
しかし、そのへんはマクガフィン（置き換え可能な設定）というヤツであって、極端に言えば何でもいいのです。

ストーリーの主筋は、

１）主人公やメインヒロインは最初は何も知らず学園生活を謳歌していた

からスタートし、

２）学園の裏の野望を打ち砕く

がゴール。なので１と２の間にはまず、二人が「学園の裏の野望」の片鱗に気づき、暗中模索の状態で探りながら次第に秘密に接近していくという流れがあるはずです。その暗中模索のプロセスに、幼馴染と生徒会長と理事長の姪を絡ませればよいわけです。（すでに指摘があるように、この三人の役割は少しかぶるかもしれませんね。尺を考慮すると、生徒会長と理事長の姪は一人にまとめるなど整理した方がいいかもしれません）

次に。
ハリウッド式三幕構成というプロット理論があります。詳細に興味があればググれば分かりますが、ここでは一つだけ、プロットの重要な要素としてミッドポイントという考え方があるんですね（先刻承知ならお許しください）。これは物語の真ん中あたりに折り返し地点を設定するという考え方です。
具体的に御作の設定に当てはめるなら、上記の三人（幼馴染、生徒会長、理事長の姪）との絡み、そして学園の裏の野望を探るプロセスに、ストーリーの中間地点で一段落つけてしまいます。この時点で野望の全貌を知る必要はありませんが、おぼろげに真の敵の影くらいは見えてくると共に、五人の目的の方向性が一つにまとまって、終着地点をめざしてストーリーが進行し始めるという感覚です。
学園の裏の野望が明示されるのは、クライマックスの直前あたり。五人のかりそめの協力関係も真の共闘に成長し、ラストバトルに突入します。

以上はかなりオーソドックスな物語の型、所謂王道というやつですが、このくらい骨格が決まれば一つ一つのエピソードはわりと自然に思いつくようになるものです。例えば生徒会長をどのタイミングで登場させ、最初は敵対的だとか、逆に猫をかぶりながら接近してくるとか。その過程で学園の秘密の一端を主人公とヒロインが知ることになるといった段取りです。