＞主人公やメインヒロインは最初は何も知らず学園生活を謳歌していたが
これは序盤の主人公とヒロインの状態を示してるだけで、
＞幼馴染みや生徒会長そして学園の理事長の姪と関わり巨大な陰謀へと巻き込まれていきます
こっちが本編であり、要約すると「巨大な陰謀に巻き込まれた主人公たち」という事が書かれてるのみです。
要するに、内容がほとんど決まってないと受け取れる概要かなと思います。
もっとも、公に晒したくなくて意図的に伏せたという事もあると思うので批難してるわけではありませんが、こちらとしては設定を聞かされただけで内容は一切知らされていないという状況になるので、助言も何もできないかなと。

先のレスで書いた「最小構成」で言えば「学園の野望を主人公たちが打ち砕く話」というのが当てはまるでしょう。
結局はコレが書ければ書きたいものが書けたと言えるわけだし、優先度が一番高い要素でしょう。
すると次に重要なのは「野望って何？」って事だと思うんですが、それは書かれていないように思います。
まずは「主人公たちがどうやって野望を打ち砕くのか」を端的にまとめてみましょう。
それが出来たら、「主人公が野望を打ち砕く話」の大筋は出来たって事だから、後は盛ってくだけです。
概要を見ると、確かに「盛る」要素は多いように思います。
キャラクターを主体にエピソードを組むと考えると、ヒロイン、ヒロインの友人、幼馴染、生徒会長、４つのエピソード、つまりは４つのサブプロットが必要になってくる。
基本的に物語は「はじまり」「なか」「おわり」の３要素で語れるので、例えば「理事長の姪」「ヒロインを利用しようとするも、何かを切っ掛けに躊躇する」「ヒロインと主人公に協力し一緒に野望に立ち向かう」と、このように「最初の状態」「変化する切っ掛け」「変化したあと」の状態を考えれば一連の要素がストーリーとして認識できます。
つまり、１キャラの１エピソードに対し最低３つのシーンが必要で、それが４キャラ分で１２シーン。
１シーンに対し５０００文字くらいを考えると、これだけで６万字。
新人賞が１２万ほどだから半分が埋まってしまう計算ですね。
メインストーリーを考えると上手くまとめてもギリギリだし、上手くまとまったとしても、これはキャラ描写を考えてない試算だから、キャラが立ってない結果になるんじゃないかなと思う。
伏線だなんて、そんな余裕ないでしょう。

ええっと、半ば否定してしまうような形になるので言いにくいのですが、
「学園の野望を主人公たちが打ち砕く話」というモノが書けりゃ、御作は仕上げることができる、という事がわかるでしょうか。
それを面白く書くためにアレコレ設定を考えたのだと思いますが、その設定を複雑にしすぎたために、話を書くためのページが無くなってる、というのが現状です。
「学園の野望」「それを打ち砕く主人公とヒロイン」この図があれば、「理事長の姪で裏事情を知っててヒロインを利用しようとしてる友人」とか、面倒なキャラを出さなくても書けるでしょ？
いや。出したほうが面白くなると思って作った設定だということは理解できますが、だから話が膨らんでる、という事で、いま悩んでるのはまさにソコですよね。
でも、出さなくても書ける、ということもわかりますよね。
考え方を変えて、「ヒロインの友人は出すけど、ただの友人として登場させる。今回は『理事長の姪』とか『裏事情を知ってる』とかって要素は出さない。伏せておく」と考えても良いと思う。
だって、出さなくても書けるんだからさ。
取捨選択をするなら切り捨てる場面ではないかな。
例えばシリーズモノのラノベで言うと、「今回は主人公と生徒会長の話」「次はヒロインと友人の話」「次は主人公と幼馴染の話」と、要点を絞って話題を組み立てていきます。
シリーズ物なら３巻かかる内容を、御作ではこれを一気に出そうとしてるので１巻にまとめようとしてる、という事ですね。
規定がないWebなら問題ないけど、規定のある新人賞なら、そりゃ無理に近い。
私ならという話だけど、「学園の野望」ではなく「教頭の悪事」にとどめておいて、設計し直す。
友人と幼馴染はキャラは出しても話には関わってこないようにして、学園の内情を語れそうな生徒会長の話を最初に持ってくる。
計画的に書くのであれば、最初は友人をメインにした話にして、続刊で生徒会長の話をして詳しい事情を語るというのもアリだと思うけども、新人賞だと続刊を想定してるとコケるから。

まあ、ともかく、現状話が広がりすぎてるのは設定を考えすぎてるからです。悪いことじゃないけど、これにはキリがないので広がる一方で、まとまらないです。
ならば解決策は単純に、設定を減らしていけばいいだけです。
ほどほどにと言いたいところだけど、すでに考えすぎてるので、バッサリと取捨選択をしましょう。