複数のストーリーを１作品で扱う場合、それなりにコツが必要です。
複数ストーリー専用の手法が群像劇とすると単一のストーリーに特化している（主人公の物語を書くのに適している）のが一人称視点ないし主人公に視点を固定する手法と言えるかなと思います。
スレ主さんが書かれているのは確か三人称一視点だったかと思うので、下手すると編集者さんのツイートの通りになってしまうでしょう。

その対策というか、そもそも「どちらに重点を置いてるのかはっきりしましょうよ」って事だと思うので、ツイートの通り取捨選択して良いアイディアでも涙を呑んで切り捨てて「ライバルの事情にはあまり踏み込まない」という解決手段しかありません。
なので、
＞味方の陣営Aと敵の陣営Bそれぞれに視点人物A'（主人公）、視点人物B'（副主人公）を置いて、時にA'とB'を絡ませて衝突させ、時に会話をさせながら、敵の体制の問題点を浮き彫りにしつつ、主人公A'がB陣営を倒すという構成です。
これが成立すればよいだけなので、ライバル側の敵体制の問題点が主人公側に伝わればあくまで物語は問題なく成立するので、ダブル主人公のような難しいことはせずに「これは主人公の物語である」ってことを忘れないようにしましょう。

そうじゃなくて書きたいのは複数主人公の衝突や彼らの葛藤なんだって場合は、三人称一視点で書いてる事が難度を上げてるので、いっそもっとサブストーリーを増やして群像劇にしちゃったほうが望むものを書けるかもしれないと思う。

＞このような形式の小説はラノベ新人賞では低評価になるのでしょうか？
低評価というか、マイナスではないと思うけど、加点要素はないと思う。
それって単に「敵サイドのことも書きたいけど主人公視点じゃ書けないからライバル視点にしーちゃおっ」って単純な図に見えちゃうので、こう考えるとこれって芸がないでしょ？
そう受け取られちゃった場合、それが理由で低評価にはしないけど、腕を見せる場で技術も芸も見せられない結果にはなるので、えーと、これは正しい表現ではないけど、下読みさんか編集さんか、評価してくれる人から舐められて評価される。