構成で損をしている面が感じられます。
簡単に整理してみます。
１．霜下しずく（ａ）霜下しずく（ｂ）
冒頭（起）。現時点でのキャラが元人間にして人間に非ざる者であることと、荒廃した世界（他の人間はいないことを暗示）の提示。
２．秋鳴かけす（Ａ）・秋鳴かけす（Ｂ）
視点キャラを１で小出しにしたかけすに移して、時系列で展開（承）。この物語のキャラ「かけす」「しずく」「ゆい」の生前の関係の説明し、この物語の最重要ポイントである、ゾンビ時のしずくが実はゆいであることの提示。
３．霜下しずく（Ａ）
回想（転）で生前の本物のしずくの人物像を提示し、しずく視点での「しずく」「ゆい」「かけす」の人間関係を提示。
４．志糸口ゆい（Ａ）
終章（結）。生前のゆい視点で、なぜゾンビのしずくがゆいであるかを提示。オチとしては、ゾンビのしずくがゆいであるのは、生前のゆいの意思だった、ということ。
起承転結にキレイにまとまってはいるんですが、キャラが劇的に動くシーン（２での殺人）は回想で語られており、生前のしずく（３）はほぼ物思いで終始しています。
目の前でキャラが生き生きと動くシーンがないんですね。また、世界が荒廃した理由も語られていないことはもとより、世界の終わりに際してキャラを動かしていない。そういうパートがないのが、ぱっと目につく構成上の問題だと思います。
もし、キャラが動くことで魅せる作品にするとしたら、２を中途半端で終わらせて、３に三人の感情のもつれからの事件、そこへ世界が終わるような大異変が起こって、三人の事件が予想外の展開を見せる、といった構成が考えられます。物語が展開した結果のオチは、今のをそのまま活かすようにつなげていいと思います。
しかし、です。冒頭からは荒廃した世界を淡々と描けています。この雰囲気を活かす方法も考えられます。荒涼とした世界で、この先も救いがない印象を出す方向ですね。現在の作品の雰囲気は、そういう方向性を持っていますが、もっと強めれば作品が深い印象を残すことができそうです。
1960年代の小説ですが、「百億の昼と千億の夜」（光瀬龍）というのがあります。宇宙全体を世界設定とするスケールの大きいものですが、小エピソードの連続で作られています。テーマを言うとしたら、「宇宙の熱的死に際した人々」です。
（注：宇宙の熱的死とは、予測されている宇宙の終焉の一つ。遠い将来、全ての恒星が燃え尽き、宇宙のどこも絶対零度に近い温度となる。どんな生物も存在しえない世界になって、それが永遠に続くというもの。）
「百億の昼と千億の夜」では、主要キャラが淡々と荒廃していく宇宙を救おうと、星々を巡るのですが、どうしようもないことだけが明らかになっていき、主要キャラもだんだん退場して、最後の一人が静かに歩み去って終わります。どこにも救いがありません。
（小説をコミック化した萩尾望都さんは、あまりに淡々と滅ぶ世界に耐えられなかったのか、1シーンだけ恋愛エピソードを入れている。）
先行きに希望のない世界を描いてみたいとしたらですが、一度「百億の昼と千億の夜」をお読みになってもいいかもしれません（同じ光瀬龍の「たそがれに還る」も将来に対する諦念を暗示していて、参考になりそう）。
御作を拝読した感じでは、文体なども含めてもっと淡々とさせて、希望のような絶望、みたいなものを表現してみてはどうかと思いました。
細かい点だけ少し。キャラの関係性が複雑なせいか、少し分かりにくいものが散見されます。一つだけ挙げてみます。
> （たとえそれが、本物のしずくだとしても。そうしてゆいは現実のしずくを消して、ゾンビとして生まれ変わって、都合良く記憶を改竄して――その時本当にゆいに成り代わったのだろう。その時同時に、そこらへんに転がっている頭部の潰れた『都合の良い死体』に、『いらなくなったゆい』を押し付けたのだ。そういう風に、認識の辻褄を合わせた）
この、かけすの内心台詞で、「その時本当にゆいに成り代わったのだろう」は、しずくがゆいに成り代わったという意味に取られてしまいます。
ゆいがしずくとなってことは、キャラ関係がややこしいだけに、明快に表現したほうがいいでしょう。例えば「その時本当にゆいはしずくとなったのだ」などでしょうか。