批評ありがとうございます！上から順番に答えていきます。

『体が眠りから覚めきっていない』という表現に違和感はないので、それを言い換えた現在の表現でも問題ないように感じました。というより、『眠りから覚める』の対象が意識か体か分かりにくかったのが問題でしたね。
『繰り返そうとする』についても同じですね。意識ではなく体を対象としていました。ただそれだと意識と体が無関係に動くように捉えられてしまうので、そもそも説明が不足していましたね。
目を開けられないことについては、確かに説明が不十分でした。失明しているという描写では、目が開けられないことへの説明にはなっていませんでしたね。開くけど見えないとか、熱で瞼が焼き付いているとか、そういった方向にすれば良かったです。
死体を調べるシーンですが、ここは自分でも三人称に甘えていると思っていました（笑）見事に指摘されて参ったなーといった感じです。
ゆいの心理については、残念ですが、これ以上の説明はないです。彼女が理解できなかったら、それがそのまま正しいのだと思います。
かけすの行動については、ただ動けないという理由です。しかしそれだったら、繰り返そうとする意識と体の葛藤を描くべきでしたね。

以上、返信でした。丁寧にありがとうございます！