こんにちは、カイトです。作品を読ませていただきました。
僭越ながら、感想を書かせていただきます。

「過去の体験と病（色盲）から自分を抑圧してきた主人公が、自分を支えてくれる少女と出会い、また病の一端を知ったことで、生きる意欲を取り戻す」という内容だと感じましたが、いかがでしょうか。

まず、ご質問に答えていきますね。
・面白いかどうか
「まだわからない」というのが正直な感想です。「無気力無感動なウィリアムから見た世界の描写」が結構長く、「なんの話か？」がなかなかはっきりしませんでした。ルカに会うまでの内容を少し削ってもいいかもしれません。
ただ、空にかかった虹を2人で見上げるラストシーンは、すごく印象的で良かったです。ウィリアムの再生と再出発を祝い、これからの波乱の展開を予想させるラストだったと思います。
・演出が上手く働いているかどうか
ウィリアムの心情に合わせたように淡々と綴られる前半と、後半の死神とのバトルが良い対比になっていたと思います。
ただ、先述したように「淡々とした描写」がダラダラと続く印象も持たせるため、もう少しメリハリをつけてもいいかなと思いました。
・わかりにくくないか
概ねわかりやすく物語が進んでいったと感じました。
ただ、タイトルにもなっている「カラーシンドローム」の説明の件では、かなりの疑問符が。後述します。

以下、個人的に気になった件を書かせていただきます。
〇名前について
「ウィリアム・ブレイク」ってどこかで聞いたことあるなーと思って調べたら、イギリスの詩人・画家に同名の方がいました。『蚤の幽霊』『赤い龍と太陽を着た女』などの絵が知られています。一度見たら忘れられないような、すごく奇妙で個性的な絵。
名前にこだわりや伏線がないのなら、変更したほうが無難かもしれません。（特にブレイクの方を）画風は、貴作のウィリアムのイメージとは大きく異なっています。
あと、ウィリアムの名前が英語風なのに対し、ドットーレとルカはイタリア風？　この辺は、後々明らかになる部分でしょうか。

〇冒頭の手紙のシーン。
最後が『追記、それから……そこで文字は途絶えていた。』となっていますが、いきなり「誰か」の視点が現れ、手紙と現実が入り混じってしまい、ボトルレターの余韻が消えてしまいました。ここは行を変えるなり行間を開けるなりしたほうが、手紙の謎めいた感じや、それを受け取った人物の感情を押しはかる余地が生まれる気がします。
また、短いですがこの部分をプロローグとして独立させたほうがいいような気もしました。

〇色の描写
色が見えないはずのウィリアムの視点で、色について描写されていることに違和感を感じました。モノクロにしか見えないなら、薄い青も白に見えるのでは？　となると、何色と限定できるのかな、と疑問に思いました。
一応全て白か黒ではありましたが、
ドットーレの白衣
死神の黒、カオス色
ルカの肌が、「スイセンのような白」
サンドイッチの入った白い箱
など。

〇カラーシンドロームについてよくわからない
まだ謎に満ちた病、という設定なのでわからないのは当然なのですが、設定がしっかり定まっていないまま書き進められている印象を受けました。
まず、「発症」とは症状が現れることなので、
『この世界のほとんどの人はカラーシンドロームも、発症しているわけですか？』
『そうだ。しかし大抵の場合は症状は現れない。……』
というのは矛盾しています。
また、ほとんどの人が罹患しているにも関わらず発症していない状況なら、ウィリアムのように『色が見えなくなる』ことが第一の症状であり、超能力は病状が進行した二次段階、と言えるのではないでしょうか。
『虹彩から色を取り込む、だから色が見えなくなる』という理屈もよくわかりませんでした。虹彩で色を吸収してしまうから視神経を通らず、だから色が認識されない、という意味でしょうか。
『カラーシンドロームが精神因果学の範疇』というのも、前述されている『精神因果学とは精神が身体や現実に与える影響を知る学問』という定義に当てはまらないような気がします。少なくとも、現時点で明かされている段階では。
病気について書かれた話ではないので、病気の詳しい理屈や治療法なんかが詳細にわかる必要はないのですが、お話の肝となる部分だと思うので、曖昧で納得できない記述には引っ掛かりを覚えました。たとえば実在する病気をモデルに、一度設定を再考してみてもいいかもしれません。

〇最後に、ボトルレターを見つけ、ルカがウィリアムの友達になろうとした意味に気づいたシーンは、もっと印象的なほうが良かったと思いました。
たとえば、事前にルカとボトルレターの関係を読者にだけ匂わせておくとか。ウィリアムには「なぜルカが自分に構うのか」をもっと気にしてほかったし、ルカの真意に気づいた時はもっと大げさに感動してもいいかなと感じました。

以上です。
自分のことを棚に上げ、重箱の隅をつつくような指摘を失礼しました。あくまで個人の一意見ですので、あまりお気になさらず。
執筆頑張ってくださいね。